31 julio, 2009
27 julio, 2009
Los "papers" del futuro
La prestigiosa revista científica Cell está lanzando un proyecto para redefinir la forma en que se presentan los artículos científicos en línea. Article of the future, es el nombre del proyecto.
Usando las últimas técnicas de visualización, Cell pretende dar una mayor interactividad a la forma de leer los papers, de una manera más interactiva. Las partes del artículo (introducción, materiales y métodos, resultados, etc.) están separadas por pestañas y además presentan una imagen que unifica todo el contenido de la investigación, osea un abstract gráfico. Presenta una sección donde se pone una lista de los resultados claves del artículo y también una entrevista al autor vía un podcast o un video animado explicando sus resultados obtenidos y sus apreciaciones acerca de la investigación.
Una de las cosas más novedosas de esta nueva presentación on-line de los artículos científicos es que presenta los gráficos con sectores clickeables, uno puede navegar a través de la imagen. También presenta una sección con el resumen del procedimiento experimental para que el trabajo pueda ser reproducido por otros investigadores. Las referencias bibliográficas y las citaciones se dan en tiempo real simplemente haciéndole click.
Para ver los 2 prototipos que se encuentran en votación visiten los siguientes links:
Prototipo 1
Prototipo 2
Usando las últimas técnicas de visualización, Cell pretende dar una mayor interactividad a la forma de leer los papers, de una manera más interactiva. Las partes del artículo (introducción, materiales y métodos, resultados, etc.) están separadas por pestañas y además presentan una imagen que unifica todo el contenido de la investigación, osea un abstract gráfico. Presenta una sección donde se pone una lista de los resultados claves del artículo y también una entrevista al autor vía un podcast o un video animado explicando sus resultados obtenidos y sus apreciaciones acerca de la investigación.Una de las cosas más novedosas de esta nueva presentación on-line de los artículos científicos es que presenta los gráficos con sectores clickeables, uno puede navegar a través de la imagen. También presenta una sección con el resumen del procedimiento experimental para que el trabajo pueda ser reproducido por otros investigadores. Las referencias bibliográficas y las citaciones se dan en tiempo real simplemente haciéndole click.
Para ver los 2 prototipos que se encuentran en votación visiten los siguientes links:
Prototipo 1
Prototipo 2
24 julio, 2009
Nature vs Science
La historia de la rivalidad de las dos revistas de divulgación científica más importantes de nuestro medio (había escrito todo un artículo referente a esto pero por errores informáticos se borró todo y me da mucha pereza escribirlo de nuevo)
Vía PhDComics18 julio, 2009
¿Cómo es un microscopio de pinzas ópticas?
Una buena animación en 3D que nos muestra las partes que tiene un microscopio de pinzas ópticas, ahora que se ha inaugurado el Laboratorio de Manipulación y Visualización de Moléculas Individuales.
16 julio, 2009
Plantas electrificadas
Que pasaría si pones una planta sobre una plancha metálica a la cual le estás haciendo pasar una carga eléctrica de 80000 voltios?... El fotógrafo Robert Buelteman tiene la respuesta:
Las plantas parecen colorearse gracias a la corriente eléctrica. El proceso para capturar estas asombrosas imágenes le tomó a Robert unos 10 años, invirtiendo 60 horas por semana para obtener tan sólo 80 fotos. Trabajando en la más completa oscuridad, el fotógrafo escoge plantas y flores para ponerlas sobre una plancha metálica sometida a una corriente eléctrica que pasa sobre ella. Además, él puede determinar en que áreas desea enfocar dicha corriente eléctrica ayudándose, tan solo, de una simple batería de automóvil.
Por extraño que parezca, los bordes de las hojas y flores de la planta una radiación invisible para nuestros ojos, pero que puede ser capturada por una cámara fotográfica gracias a la ayuda de la fibra óptica, que transforma esta radiación en luz visible.
Vía Dailymail. (Click para ver más imágenes).
Las plantas parecen colorearse gracias a la corriente eléctrica. El proceso para capturar estas asombrosas imágenes le tomó a Robert unos 10 años, invirtiendo 60 horas por semana para obtener tan sólo 80 fotos. Trabajando en la más completa oscuridad, el fotógrafo escoge plantas y flores para ponerlas sobre una plancha metálica sometida a una corriente eléctrica que pasa sobre ella. Además, él puede determinar en que áreas desea enfocar dicha corriente eléctrica ayudándose, tan solo, de una simple batería de automóvil.Por extraño que parezca, los bordes de las hojas y flores de la planta una radiación invisible para nuestros ojos, pero que puede ser capturada por una cámara fotográfica gracias a la ayuda de la fibra óptica, que transforma esta radiación en luz visible.
Vía Dailymail. (Click para ver más imágenes).
15 julio, 2009
Si los más grandes científicos de la historia "twitearan"...
13 julio, 2009
Reglas generales para la elección del codón óptimo
En nuestros cursos de biología general nos han enseñado que el código genético es degenerado, es decir, un mismo aminoácido puede ser codificado por varios codones (tripletes de nucleótidos). A pesar de ello, los organismos vivos tienen una preferencia por usar uno en mayor proporción. Aún no está claro si es que esta preferencia se debe a la acción de la selección natural a nivel de la traducción o que han dirigido la preferencia a determinados codones.
Un grupo de investigadores de la Universidad de Arizona realizaron un estudio para entender mejor este fenómeno que ha intrigado a los biólogos por muchos años. Para ello, se enfocaron en el porcentaje de guaninas (G) y citosinas (C) contenido en las regiones intergenéticas, usando los genomas completos de 675 bacterias, 52 arqueas y 10 hongos.
Se identificaron aquellos genes que codificaban proteínas con más de 50 aminoácidos y se examinó la frecuencia con la que aparecían cada uno de los codones para determinar el óptimo o favorito. Luego se clasificaron los codones en familias según si eran ricos en GC o en AT. A los más ricos en GC se les dio un valor de 1; a los más ricos en AT, -1; y, a los que tienen un contenido intermedio de GC, cero. Luego se sumaron los escores y se dividieron entre el número de familias. Si un organismo tiene más codones ricos en GC tendrá un escore final mayor a 0, si tiene más codones ricos en AT tendrá un escore menor a 0.
Estos valores luego se plotearon y se encontró una clara correlación entre los que tienen más contenido intergenético de GC tienen más codones óptimos ricos en GC. Lo mismo ocurría con los que son más ricos en AT cuyos codones óptimos también son ricos en AT. Estos resultados se repitieron en arqueas y hongos.
Esto es solo un primer avance en determinar que reglas rigen la elección del codón óptimo en los organismos vivos. Hasta ahora se ha concluido que el porcentaje de GC presenten en las regiones intergenéticas juegan un papel importante en la elección del codón óptimo.
Referencia:
Hershberg, R., & Petrov, D. (2009). General Rules for Optimal Codon Choice PLoS Genetics, 5 (7) DOI: 10.1371/journal.pgen.1000556
Un resultado raro se obtuvo con la Drosophila melanogaster, ya que esta mosca a pesar de tener un contenido intergenético rico en AT, sus codones óptimos son ricos en GC. La explicación que le dan es que a pesar de su bajo contenido en GC la D. melanogaster usa una mayor proporción de codones ricos en GC que otros organismos.
Otro resultado mostraba que aquellos organismos que tenían altos porcentajes de GC en las regiones intergenéticas, para los aminoácidos que eran codificados por cuatro codones, preferían usar codones con C en vez de G para la Treonina y Glicina, y usaban preferiblemente G en vez de C para Prolina y Valina. En cambio, cuando el organismo era rico en AT en las regiones intergenéticas, no tenía una clara preferencia por T o A.
Esto es solo un primer avance en determinar que reglas rigen la elección del codón óptimo en los organismos vivos. Hasta ahora se ha concluido que el porcentaje de GC presenten en las regiones intergenéticas juegan un papel importante en la elección del codón óptimo.Referencia:
Hershberg, R., & Petrov, D. (2009). General Rules for Optimal Codon Choice PLoS Genetics, 5 (7) DOI: 10.1371/journal.pgen.1000556
12 julio, 2009
Quieren monólogo?
A muchos de nosotros, de seguro, nos gustaban los monólogos de Adal Ramones en su programa "Otro Rollo"... y, como biólogos que somos, siempre soñábamos con que haga un monólogo científico, pero nunca fue así... hasta que un biólogo norteamericano graduado de la Unversidad de California San Diego, con un PhD en Ecología y Evolución en la Universidad de California Davis, dejó de lado la investigación y esta ciencia por dedicarse de tiempo completo a la comicidad.
Tim Lee es un monologuista que habla acerca de temas científicos, especialmente temas desde un punto de vista biológico, que se gana la vida presentando shows en diferentes escenarios norteamericanos. Sus espectáculos son muy concurridos, no solo por la comunidad científica, también por el público común y corriente.
Es otra alternativa para ejercer nuestra carrera de manera rentable.
10 julio, 2009
¿Por qué tanto miedo al bromuro de etidio?
El bromuro de etidio (BrEt) es un agente químico muy usado en técnicas de biología molecular para teñir nuestros geles de agarosa y poder apreciar nuestras bandas de ADN; ya sean de los productos de extracción o de PCR. Existen dos formas de teñir los geles: i) remojando el gel de agarosa por 15 minutos en una bandeja con BrEt (0,5 mg/L) después de haber hecho la electroforesis o ii) añadiendo el BrEt directamente al gel al momento de prepararlo. Con la primera evitamos contaminar nuestra cámara de electroforesis con BrEt y con la segunda evitamos exponernos a salpicaduras y otros accidentes que pueden ocurrir al hacer la tinción en bandeja.
Se han dado cuenta que desde que entramos a un laboratorio de biología molecular nos tienen traumados con el BrEt: "¡Cuidado que te salpique!", "¡no lo huelas!", "¡usa tres guantes!", "¡no es por ese lado!", "¡si te cae en la piel te va a dar cáncer y te puedes morir!", entre otras cosas más.
Si bien se han hecho una serie de estudios in vitro acerca de los potenciales efectos del BrEt, encontrándose un potencial efecto carcinogénico, teratogénico, con capacidad de cambiar el marco de lectura de los genes, causando mutaciones genéticas y recombinaciones cromosómicas (sí que da miedo), no se ha provisto de evidencia suficiente que demuestre un efecto genotóxico en organismos más complejos que simples líneas celulares o tejidos embrionarios. Es más, hasta ahora no se ha demostrado un efecto carcinogénico en ningún animal.
Por muchos años el BrEt ha sido administrado al ganado para el tratamiento de la enfermedad del sueño africana, a una dosis de 1 mg/kg por vía subcutánea o intramuscular. Sin embargo, hasta ahora no se ha reportado algún tipo de complicación carcinogénica o tumoral en estos animales, así como tampoco defectos congénitos en las crías. Esto quiere decir que el BrEt es menos genotóxico de lo que presumían los estudios in vitro.
En biología molecular usamos concentraciones de 0,5 mg/L, unas 2000 veces menor que del 50% de la dosis letal (LD50) que es más de 2 g/Kg, tanto para absorción oral como cutánea. Para un investigador como yo, que pesa unos 60 Kg aproximadamente, necesitaría tomar o lavarme las manos con unos 200 mil litros de la solución de tinción de BrEt para alcanzar el 50% de la dosis letal, lo cual es prácticamente imposible: son aproximadamente 50 mil galones de BrEt para tinción, con esto podría llenar el tanque de combustible de 2000 automóviles.
Ya ven, no hay que tenerle mucho miedo al BrEt, más miedo hay que tenerle al inocuo SYBR Green, un tinte para geles de electroforesis que se cree seguro. Se han hecho estudios que han demostrado una mayor genotoxicidad del SYBR sobre ratones que el propio BrEt.
Así que desde hoy... todos a brindar con Bromuro de Etidio.
Referencias:
National Toxicology Program.
RRResearch.
Se han dado cuenta que desde que entramos a un laboratorio de biología molecular nos tienen traumados con el BrEt: "¡Cuidado que te salpique!", "¡no lo huelas!", "¡usa tres guantes!", "¡no es por ese lado!", "¡si te cae en la piel te va a dar cáncer y te puedes morir!", entre otras cosas más.
Si bien se han hecho una serie de estudios in vitro acerca de los potenciales efectos del BrEt, encontrándose un potencial efecto carcinogénico, teratogénico, con capacidad de cambiar el marco de lectura de los genes, causando mutaciones genéticas y recombinaciones cromosómicas (sí que da miedo), no se ha provisto de evidencia suficiente que demuestre un efecto genotóxico en organismos más complejos que simples líneas celulares o tejidos embrionarios. Es más, hasta ahora no se ha demostrado un efecto carcinogénico en ningún animal.
Por muchos años el BrEt ha sido administrado al ganado para el tratamiento de la enfermedad del sueño africana, a una dosis de 1 mg/kg por vía subcutánea o intramuscular. Sin embargo, hasta ahora no se ha reportado algún tipo de complicación carcinogénica o tumoral en estos animales, así como tampoco defectos congénitos en las crías. Esto quiere decir que el BrEt es menos genotóxico de lo que presumían los estudios in vitro.
En biología molecular usamos concentraciones de 0,5 mg/L, unas 2000 veces menor que del 50% de la dosis letal (LD50) que es más de 2 g/Kg, tanto para absorción oral como cutánea. Para un investigador como yo, que pesa unos 60 Kg aproximadamente, necesitaría tomar o lavarme las manos con unos 200 mil litros de la solución de tinción de BrEt para alcanzar el 50% de la dosis letal, lo cual es prácticamente imposible: son aproximadamente 50 mil galones de BrEt para tinción, con esto podría llenar el tanque de combustible de 2000 automóviles.
Ya ven, no hay que tenerle mucho miedo al BrEt, más miedo hay que tenerle al inocuo SYBR Green, un tinte para geles de electroforesis que se cree seguro. Se han hecho estudios que han demostrado una mayor genotoxicidad del SYBR sobre ratones que el propio BrEt.
Así que desde hoy... todos a brindar con Bromuro de Etidio.
Referencias:
National Toxicology Program.
RRResearch.
09 julio, 2009
Los feos son más fértiles que los simpáticos
Acabo de leer un artículo muy interesante y a la vez gracioso. Resulta que investigadores británicos de University College London y de la Universidad de Oxford descubrieron que los machos más atractivos liberan menos esperma por copulación que los machos más feos. Todo haría pensar que esto es al revés, que son los más "guapos" los que producen más esperma y son lo más fértiles; pero, usando un modelo matemático se determinó lo contrario.
La explicación de esto podría ser que cuando un macho es más atractivo tiene más posibilidades de copular con más hembras, y para poder hacer varios "rounds" debe eyacular poquito para que le alcance para todas; en cambio, cuando un macho es bien feo, la posibilidad de copular con muchas hembras es nula, a las justas podrá hacerlo con una sola, así que su esperma debe ser mejor y debe eyacular más para así poder asegurar su descendencia.Esta extraño comportamiento de la evolución de la eyaculación se puede apreciar claramente en los peces y en los gallos. En los peces, la pez hembra libera sus huevecillos al agua, luego vienen los machos y liberan su esperma. Los espermatozoides de estos peces deben ser sanos y fuertes para poder competir con los demás y llegar a fertilizar la mayor cantidad de huevecillos posibles, de esta manera, poder asegurar una buena cantidad de descendientes. Lo mismo ocurre en especies donde la hembra llega a copular con muchos machos a la vez. En estas especies los machos ponen toda su energía en producir mejores espermatozoides para maximizar sus posibilidades de fertilizar los óvulos.
En cambio se ha visto que los gallos más atractivos (más grandes, plumosos, con picotazos fuertes y una gran cresta) pueden llegar a copular con más gallinas que los otros gallos menos agraciados; aunque, la cantidad de esperma que liberan es menor que en los gallos más feos. En vez de gastar su energía en mejores espermatozoides, lo hacen para obtener la mayor cantidad de copulaciones, y así mejorar las posibilidades de tener una mayor cantidad de crías con diferentes hembras. Este comportamiento también lo podemos observar en los leones. El león, y muchos otros felinos, tienen a su lado un gran número de hembras con las cuales tiene que copular, pero para darse abasto con todas y no perder su trono, debe eyacular poquito. Es por esta razón que la fertilidad en estos animales es muy baja.
La posición social también juega un rol muy importante en la evolución de la eyaculación. Los machos dominantes o de primer nivel tienen espermatozoides con problemas de movilidad y fertilidad; en cambio, los machos subordinados o con menor nivel social tienen espermatozoides espermatozoides más vigorosos y fuertes, porque sus posibilidades de aparearse son muy bajas.
En el ser humano ocurrirá lo mismo? Cuanto más veces se copule, menos esperma se libera a la siguiente vez, y la fuerza con la que se libera es menor. Esta también podría ser la explicación de los problemas de fertilidad de los más atractivos.
Vía ScienceDaily.
S Tazzyman, T Pizzari, R Seymour and A Pomiankowski. The evolution of continuous variation in ejaculate expenditure strategy. September issue of the journal American Naturalist., September, 2009 DOI: 10.1086/603612
08 julio, 2009
Tercera muerte por gripe A H1N1
El MINSA ha reportado hoy la tercera muerte a causa de la gripe A H1N1 el cual se trata de un ciudadano de nacionalidad peruana residente en Arequipa (39 años) perteneciente a los grupos de riesgo y que falleció en el Hospital de EsSalud de Yanahuara.
Los casos de infectados van en aumento, ahora también empezarán a aumentar las muertes. Es algo común en este tipo de pandemias, ya que nos encontramos en una época invernal, donde los casos de gripe y resfrío común tienden ha aumentar. Para cuando termine el invierno, los casos de contagiados y víctimas de esta gripe habrán disminuido; pero, vendrá una nueva ola de casos y muertes en el hemisferio norte, ya que el virus habrá mutado por este lado del mundo. De repente para el próximo invierno en el hemisferio norte ya se pueda contar con una vacuna, de esta manera se reducirá enormemente las infecciones y decesos.
Para terminar con esta noticia, Argentina ya lleva 60 muertos, Chile 19, Uruguay 5 y Colombia 4, entre los países vecinos con más víctimas.
Ahora sigan nuestras actualizaciones de la Gripe A H1N1 por el Twitter (@biounalm) hasta que algo interesante vuelva a ocurrir con esta pandemia en nuestro país. Todos a abrigarse¡
Los casos de infectados van en aumento, ahora también empezarán a aumentar las muertes. Es algo común en este tipo de pandemias, ya que nos encontramos en una época invernal, donde los casos de gripe y resfrío común tienden ha aumentar. Para cuando termine el invierno, los casos de contagiados y víctimas de esta gripe habrán disminuido; pero, vendrá una nueva ola de casos y muertes en el hemisferio norte, ya que el virus habrá mutado por este lado del mundo. De repente para el próximo invierno en el hemisferio norte ya se pueda contar con una vacuna, de esta manera se reducirá enormemente las infecciones y decesos.
Para terminar con esta noticia, Argentina ya lleva 60 muertos, Chile 19, Uruguay 5 y Colombia 4, entre los países vecinos con más víctimas.
Ahora sigan nuestras actualizaciones de la Gripe A H1N1 por el Twitter (@biounalm) hasta que algo interesante vuelva a ocurrir con esta pandemia en nuestro país. Todos a abrigarse¡
La energía del planeta
Espectacular video en alta definición desarrollado por la BBC de Londres, acompañado de una buena música electrónica que nos muestra imágenes espectaculares de nuestro planeta, enfocándose principalmente en la energía que posee: los vientos, huracanes, tornados, rayos, etc...
05 julio, 2009
Las dos primeras muertes por la gripe A H1N1 en el Perú
El día de hoy se reportaron las 2 primeras muertes a causa de la gripe A H1N1 según el reporte oficial del Ministerio de Salud.
En conferencia de prensa, el ministro Ugarte mencionó que los fallecidos presentaban factores de riesgo y vulnerabilidad, puesto que la mujer tenía “antecedentes de hipertensión y obesidad” y la menor el síndrome de down.
Creo que ya era de esperarse y nos veníamos preparando para esta noticia ya que en países vecinos el número de muertes es superior, en Argentina ya van 44 víctimas y en Chile ascienden a 16. Además el número de casos confirmados de infectados con la A H1N1 en el Perú ya pasó del millar (1027), terceros en sudamérica, de los cuales 607 ya han sido dados de alta. Debemos recordar que es normal que el número de infectados se incrementará debido a la llegada del invierno.
El Ministerio de Salud informa que se han registrado las dos primeras muertes por la Nueva Influenza AH1N1. Se trata de dos personas, ambas del sexo femenino, de nacionalidad peruana, de 38 y 4 años, residentes en Lima.
En conferencia de prensa, el ministro Ugarte mencionó que los fallecidos presentaban factores de riesgo y vulnerabilidad, puesto que la mujer tenía “antecedentes de hipertensión y obesidad” y la menor el síndrome de down.Creo que ya era de esperarse y nos veníamos preparando para esta noticia ya que en países vecinos el número de muertes es superior, en Argentina ya van 44 víctimas y en Chile ascienden a 16. Además el número de casos confirmados de infectados con la A H1N1 en el Perú ya pasó del millar (1027), terceros en sudamérica, de los cuales 607 ya han sido dados de alta. Debemos recordar que es normal que el número de infectados se incrementará debido a la llegada del invierno.
04 julio, 2009
Acelerador de partículas medieval
Recuerdan aquellos duelos con caballo y lanza que se daban en Europa en la era medieval? No eran más que un intento de los emperadores por tener su propio acelerador de partículas...
Vía SMBC.Como funciona el cerebro humano?
New Scientist ha publicado una animación interactiva para poder aprender como funciona nuestro cerebro. La primera imagen es de todas las partes y regiones de nuestro cerebro, los lóbulos y la parte interior, para que de esta manera nos ubiquemos en el espacio y posteriormente apreciar cuales son las área que se activan cuando vemos, escuchamos, tocamos, recordamos, etc. Si no tienen nada que hacer se los recomiendo para que se entretengan un rato antes de ver otro triunfo peruano en el voley.
Vía New Scientist.
También pueden visitar el siguiente link: ¿Cómo funciona el cerebro?
01 julio, 2009
Un parásito que escapa al sistema inmunológico humano
En la edición digital de la revista Nature aparece publicado un estudio del equipo de científicos liderado por F. Nina Papavasiliou, de la Universidad de Rockefeller (EEUU) que revela la forma en la que el parásito Trypanosoma brucei inicia su escapada, separando ambas hebras de su ADN.
Los Tripanosomas son protozoos con formas muy complicadas de evasión inmunitaria, las cuales incluyen mecanismos como la supresión de formación de radicales tóxicos y citocinas dañinos a ellos, pero el mecanismo más interesante de este protozoario es la modificación antigénica. Una manera de lograr esto es cubrirse con antígenos propios del hospedador, de tal manera que se vuelven tolerables. Las tripanosomas de este tipo, por consiguiente, no son patógenos, aunque T. brucei, que sí es patógeno se cubre de proteínas plasmáticas y de superficie de eritrocitos del hospedador, por lo que no es detectado.De ahí que este parásito haya despertado la curiosidad de los científicos por su capacidad de burlar al sistema inmunológico del ser humano cambiando periódicamente la estructura de su cápsula proteica, de tal modo que las defensas del organismo no son capaces de adaptarse a las variaciones y reconocer la amenaza.
Ahora los investigadores han logrado precisar la estrategia de supervivencia del parásito reproduciendo artificialmente el modo en que el parásito modifica su cápsula proteica, un logro que permite estudiar cómo un gran número de virus utilizan esta táctica y que puede llevar, en un futuro, a evitar que éstos alcancen con éxito su objetivo.
Vía The Rockefeller Universitiy
Aprendiendo de este parásito, nosotros podemos salir beneficiados previniendo que estos se colen y se burlen del sistema inmunológico, pudiendo ocasionar daños irreversibles.
Escrito por Christabelle Savaresse
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