09 febrero, 2018

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Un hongo que puede simular la red vial de Tokio

Si alguna vez siembran una colonia de Physarum polycephalum, un hongo filamentoso tipo ameba, podrán ver que tiene una forma muy peculiar de crecimiento.

A diferencia de los hongos más comunes como Penicillium o Aspergillum, que tienen un crecimiento del tipo radial formando capas circulares que crecen a partir del centro de la placa petri, el Physarum lo hace como un árbol, con muchas ramificaciones como si fueran las venas de un sistema circulatorio. Lo interesante de ello es que puede formar patrones similares a una red vial. Es decir, busca la forma más eficiente (rápida y directa) de llegar de un punto a otro.


Lo que se ve en la imagen es una colonia de Physarum (en color amarillo) creciendo durante un día dentro de una placa petri con un medio de cultivo sin nutrientes. En vista que el hongo evita las zonas muy iluminadas, un grupo de investigadores japoneses utilizaron un haz de luz para delimitar la zona de crecimiento del Physarum, la cual tenía la forma de la línea costera de la ciudad de Tokio. Adicionalmente, colocaron dentro de la placa petri zonas puntuales ricas en nutrientes en los lugares donde habrían suburbios y zonas residenciales.

Durante las primeras horas, el hongo crecía como una mucosa amorfa. Pero a medida que pasaba el tiempo, empezó a tomar la forma de una compleja red de conexión buscando la manera más rápida y directa de alcanzar las zonas ricas en nutrientes para poder sobrevivir.

Anteriormente, ya se había demostrado que Physarum tenía la capacidad de encontrar el camino más rápido hacia una fuente nutritiva dentro de un laberinto. Los sistemas de conexión que establece este hongo son muy eficientes y altamente balanceados en cuanto al costo de producción. Ellos evitan gastar energías creciendo por todo el medio de cultivo, por lo que buscan un sistema de conexión tubular directo hacia las fuentes nutritivas.

Estas redes de conexión tienen características asombrosas. Por ejemplo, la longitud total de la red es cercana a la mínima distancia posible requerida para unir todos los puntos distribuidos en un mismo espacio. Asimismo, la distancia promedio para unir dos diferentes puntos también es muy corta y poseen una gran capacidad para eludir obstáculos como si fueran ingenieros diseñando pistas que eviten pasar sobre fallas geológicas.


Los investigadores compararon las redes formadas por Physarum (A, B y C) con las redes viales de Tokio y sus principales ciudades y suburbios adyacentes (D), observándose una gran similaridad entre ellas. Adicionalmente, estas redes fueron comparadas con otras desarrolladas por las computadoras (E y F).

Debemos recordar que las redes de transporte son una parte muy importante en la infraestructura y desarrollo de un país, sobre todo en una sociedad industrial como la nuestra.Por ello, es importante facilitar y hacer más eficiente el transporte de personas, recursos, materias primas, energías e información. Además, esto no solo es aplicable para carreteras o vías férreas, sino también, para cables de alta tensión de luz que transportan la energía eléctrica desde las centrales hasta las ciudades. 

Referencia:

Tero, A., Takagi, S., Saigusa, T., Ito, K., Bebber, D., Fricker, M., Yumiki, K., Kobayashi, R., & Nakagaki, T. (2010). Rules for Biologically Inspired Adaptive Network Design Science, 327 (5964), 439-442 DOI: 10.1126/science.1177894

[Entrada publicada originalmente el 22 de enero de 2010]

08 febrero, 2018

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A través de Instagram generan conciencia sobre la extinción de especies

Sean Gallagher es un fotógrafo y cineasta que está aprovechando su popularidad en las redes sociales para llamar la atención mundial sobre la crisis de la extinción de especies. A través del hashtag #everydayextinction en Instagram ha logrado convocar a 25 fotógrafos de vida silvestre, fotorreporteros y científicos aficionados a la fotografía para que muestren al mundo esta problemática, que día a día y de manera silenciosa le roba las especies a la naturaleza.

Su iniciativa surgió tras leer La sexta extinción: Una historia nada natural (2015) de Elizabeth Kolbert. Este libro le mostró cuán severa era esta crisis y cómo estaba afectando a toda la biodiversidad mundial. "Decidí que quería centrar más mi trabajo en la difícil situación de la biodiversidad y utilizar la fotografía y el cine para comunicar mejor este tema al público", comenta Gallagher en una entrevista.

Algunas fotos son realmente crudas, por ejemplo, la caza de rinocerontes para quitarles sus cuernos, pero es lo que ocurre todos los días en el continente africano, incluso dentro de los Parques Nacionales. Sin embargo, también se muestran fotos que nos dan cierto optimismo porque hay muchas instituciones y personas que vienen trabajando para evitar que muchas especies desaparezcan de la faz de la Tierra.

"Al utilizar la fotografía para comunicar la difícil situación de la biodiversidad, esperamos alentar el diálogo sobre las causas, los efectos y las soluciones a la crisis de extinción", puntualiza Gallagher.


Imagen del cráneo de un mono capuchino marrón (Sapajus apella), una especie que se encontraba en los bosques ubicados hacia el este de los Andes, en la cuenca del río Orinoco. Hoy en día, su hábitat esta seriamente amenazado por la deforestación para la agricultura y ganadería. Además es comercializado ilegalmente como mascota.


Elefantes haciendo trucos en un zoológico de Colombo, capital de Sri Lanka.


La iguana jamaiquina fue redescubierta en 1990 y, desde entonces, un exitoso programa de repoblamiento viene funcionando.


En el Centro de Investigación y Conservación de China, los investigadores se visten de pandas para hacer seguimiento a los pandas criados en cautiverio y liberados a su ambiente natural.

07 febrero, 2018

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¿Por qué las esporas no activan nuestro sistema inmunológico?

No nos damos cuenta, pero estamos rodeados por millones de esporas de hongos (conidios) que permanecen suspendidas en el aire todo el tiempo. En su mayoría pertenecen a los géneros Cladosporium, Penicillium, Alternaria y Aspergillus. Las respiramos todo el tiempo, pero, ¿por qué, en la mayoría de personas, no generan una respuesta inmunológica al ingresar al organismo?

 Esporas de Aspergillus niger bajo el microscopio. Fuente: Wikimedia Commons.

De por sí, estos hongos pueden llegar a causar serias infecciones como la aspergilosis, provocando una respuesta inmunológica mediante la expresión de ciertas moléculas estimuladoras, como la CD80, y de antígenos que inducirán la secreción de las citoquinas como la HLA-DR, generando una respuesta inflamatoria.

Los centinelas de toda esta cascada de reacciones son las células dendríticas. Pero, cuando los hongos están en forma de esporas no causan ningún tipo de respuesta inmunológica ni estimulan las células dendríticas a pesar que poseen los mismos componentes que activan dichas respuestas. ¿Será que algo estará bloqueando estos receptores volviendo a las esporas inmunológicamente inertes?

Investigadores del Instituto Pasteur estudiaron los conidios de Aspergillus fumigatus y observaron que estaban cubiertas por unas hidrofobinas llamadas RodA unidas a su pared celular, la cual desaparecía a medida que las esporas germinaban.

Las RodA purificadas no inducían la maduración de las células dendríticas ni la activación de las células CD4+T responsables de la producción de citoquinas; a diferencia de la Aspf1, que es la proteína más inmunogénica que posee este hongo. En otras palabras, las hidrofobinas RodA eran inmunológicamente inertes.

Para confirmar si la presencia de RodA es la responsable de la ausencia de respuesta inmonológica inactivaron el gen rodA en A. fumigatus. En este caso, las esporas generadas por el hongo mutante estimulaban a las células dendríticas y activaban la producción de citoquinas, tanto in vitro como en ratones de laboratorio. También se realizaron las mismas pruebas con las hidrofobinas de las conidias de otras especies de hongos, obteniendo los mismos resultados. 

Y ¿qué pasa con las personas alérgicas a las esporas? En esos casos, serían otros los componentes de los hongos que inducirían la respuesta del sistema inmunológico.

Para terminar, este estudio es de vital importancia desde un punto de vista terapéutico. Usando la nanotecnología podemos crear nanopartículas y nanorobots, recubiertos por hidrofobinas del tipo RodA, para poder inocularlos en los pacientes sin generar algún tipo de respuestas inmunológica. De esta manera, se podría tratar tumores muy dificiles de extirpar, llevar los fármacos a los tejidos deseados, tratar infecciones intestinales o pulmonares, etc.

Referencia:

Aimanianda, V., Bayry, J., Bozza, S., Kniemeyer, O., Perruccio, K., Elluru, S., Clavaud, C., Paris, S., Brakhage, A., Kaveri, S., Romani, L., & Latgé, J. (2009). Surface hydrophobin prevents immune recognition of airborne fungal spores Nature, 460 (7259), 1117-1121 DOI: 10.1038/nature08264

[Entrada publicada originalmente el 2 de setiembre de 2009].

05 febrero, 2018

¿Los ateos son más inteligentes que las personas religiosas?

Lo sé, es una pregunta controversial. Es cierto que hay muchos grandes científicos y descubridores que tenían fuertes convicciones religiosas, por ejemplo: Isaac Newton, padre de la mecánica clásica e inventor del cálculo; Gregor Mendel, descubridor de la herencia genética; y, Francis Collins, quien dirigió el Proyecto del Genoma Humano. No obstante, cuando hablamos en promedio, las cosas cambian.

Varios estudios han encontrado que la creencia en un dios (religiosidad) se correlaciona inversamente con la inteligencia, y de acuerdo con una reciente investigación publicado en Frontiers of Psychology, las personas no religiosas realizan mejor las tareas cognitivas que las religiosas.

Para llegar a esta conclusión, Richard E. Daws y Adam Hampshire del Imperial College de Londres, hicieron una encuesta en línea a más de 63.000 personas, quienes debían completar un conjunto de 12 tareas cognitivas en 30 minutos. Esta prueba tenía por objetivo medir la planificación, el razonamiento, la atención y la memoria de trabajo de los participantes y compararlos entre ateos y creyentes.

Celeste: razonamiento, Naranja: memoria de trabajo, Rojo: razonamiento verbal, Gris: promedio. Daws & Hampshire (2018).

Los investigadores encontraron que las personas religiosas obtenían en promedio entre 2 y 4 puntos menos de cociente intelectual (CI) que las personas no religiosas, tal como lo habían puesto de manifiesto estudios anteriores a gran escala. Adicionalmente, cuando compararon los CI de ateos y creyentes más dogmáticos, la diferencia alcanzaba los 6,45 puntos. Los agnósticos, por su parte, tendían a ubicarse entre los ateos y los creyentes en todas las tareas evaluadas.

Por ejemplo, en la prueba de Stroop, donde los participantes debían decir de qué color era la palabra impresa lo más rápido posible, les iba peor a las personas religiosas, porque la intuición y la lógica entran en conficto, venciendo la primera.

Efecto Stroop. Di el color de cada palabra y no lo que está escrito.

Para ser sinceros, estos resultados no indican que las personas religiosas sean menos inteligentes que las no religiosas, sino que a las primeras no les va bien con los test de inteligencia, posiblemente, porque tienden a confiar más en su intuición. Es decir, podrían ser comparativamente peores solo en tareas en las que la intuición y la lógica entren en conflicto, y esto podría explicar los resultados más bajos en la prueba de cociente intelectual.

"Los fallos de razonamiento surgirían cuando los procesos intuitivos rápidos no son contrarrestados por los procesos lógicos lentos", comenta Juan Ignacio Perez en un artículo para el Cuaderno de Cultura Científica. Por ello, las diferencias en la calidad del razonamiento serían relativas a la capacidad y estilo cognitivo de los individuos, no a su inteligencia.

En conclusión, las creencias religiosas predisponen a las personas a depender más de la intuición en la toma de decisiones. Además, cuanto más fuerte es su creencia, más pronunciado es el impacto.

Fuente | The British Psychological Society.

03 febrero, 2018

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¿Qué favoreció la expansión del Imperio Inca?

Desde el colegio nos han enseñado que la rápida expansión del Imperio Inca se dio gracias a la adopción de nuevas estrategias sociales y políticas, que junto a la gran fuerza laboral adquirida —especialmente de los pueblos sometidos— y un ejército permanente, permitió que dominaran esta parte del continente durante el siglo XV.

Sin embargo, de acuerdo a un estudio publicado en Climate of the past, esto no hubiera sido posible sin el aumento de la productividad de sus cultivos que se dio gracias a un incremento de las temperaturas que hubo entre los años 1100 a 1500.

Alex Chepstow-Lusty, investigador del Instituto Francés de Estudios Andinos, y sus colaboradores realizaron un análisis paleoclimático de alta resolución (centímetro por centímetro) de los sedimentos obtenidos de la laguna de Marcacocha a 12 kilómetros de Ollantaytambo (Cusco), con el fin de determinar las condiciones climáticas durante el desarrollo y apogeo del Imperio Inca.

Se midieron las concentraciones de C-13 (un isótopo del carbono usado para evaluar la actividad biológica del pasado), la tasa de carbono-nitrógeno (C/N), concentración de macrofósiles de plantas y polen de una especie indicadora comocida como Myriophyllum. Asimismo, la secuencia cronológica de los sedimentos fue determinada usando un isótopo del plomo (Pb-210) y radiocarbono.


El análisis del polen permitió determinar el nivel del lago en respuesta a los cambios en la precipitación regional. Los macrofósiles de plantas fueron muy útiles para determinar las condiciones ambientales de la época, por ejemplo, si las aguas de los lagos eran ricas o pobres de nutrientes. Las presencia de semillas de Juncáceas, por su parte, son indicadores de suelos de mala calidad. Las macrocenizas son indicadores de frecuencia de incendios y de actividad antropogénica. Las tasas de C/N son útiles para determinar la cantidad y la fuente de materia orgánica que entra al lago. Por ejemplo, si la materia orgánica proviene del fitoplancton (algas C3), el valor de la tasa de C/N será entre 4 y 10, en cambio, si la materia orgánica proviene tanto de plantas terrestres (C3 y C4) como acuáticas, el valor de la tasa de C/N será superior a 20.

Estos sedimentos revelaron una temporada de aridez y sequías por el año 880, que duró unos 300 años, la cual pudo ser la responsable del decaimiento del Imperio Wari y la cultura Tiahuanaco. Sin estas dos grandes civilizaciones dominando esta parte del continente, el desarrollo de nuevas culturas se hizo posible. 

Después de esta temporada árida vino una temporada cálida a partir del año 1100. El incremento de las temperaturas dio al Inca y a sus sucesores inmediatos la oportunidad de explotar las tierras más altas de la cordillera de los Andes, mediante la construcción de terrazas agrícolas, andenes, sistemas de irrigación basados en la agua del deshielo de los glaciares en combinación con las técnicas de agroforestería.

La tecnología agrícola usada por los Incas fue una de las más avanzadas en la historia de la humanidad, pero, lamentablemente, sus estrategias de cultivo no han sobrevivido al paso del tiempo y esta forma de agricultura sostenible y eficiente se ha perdido para siempre.

En una entrevista a la BBC, Chepstow resaltó que se puede aprender mucho de los incas y de su manejo sustentable de los suelos para combatir los efectos del cambio climático. "Perú es el tercer país del mundo más amenazado por el cambio climático y sus glaciares desaparecerán hacia el año 2050".

Referencia:

A. J. Chepstow-Lusty, M. R. Frogley, B. S. Bauer, M. J. Leng, K. P. Boessenkool, C. Carcaillet, A. A. Ali, and A. Gioda (2009). Putting the rise of the Inca Empire within a climatic and land management context Climate of the past, 5 (3), 375-388

[Artículo publicado orginalmente el 1 de agosto de 2009].

01 febrero, 2018

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Analiza tu genoma con un dispositivo que entra en tu bolsillo

Trece años y 3000 millones de dólares tardó y costó secuenciar por primera vez el genoma de un ser humano, el cual fue presentado en el año 2003. El método empleado para esta proeza fue desarrollado en 1975 por Frederick Sanger.

En sus inicios, el método Sanger era muy laborioso. Se debía realizar cuatro reacciones en paralelo. En cada tubo se ponía todos los componentes necesarios para la replicación —o “fotocopiado”— del ADN y, adicionalmente, una de las bases o nucleótidos (Adenina, Guanina, Citosina y Timina) con ligeras modificaciones. Luego, utilizando un gel y una corriente eléctrica, se separaban todos los fragmentos de ADN generados. Los más pequeños migraban más rápido hacia la parte inferior. Finalmente, se hacía la lectura letra por letra.


Con solo 5386 nucleótidos, el genoma del virus Phi-X174 fue el primero en ser secuenciado en 1977. Tres años después, Sanger gana el Premio Nobel de Química gracias a estos trabajos.

Poco a poco el método se fue automatizando. Aparecieron los primeros analizadores genéticos que utilizaban nucleótidos marcados con moléculas fluorescentes de distintos colores para facilitar la lectura de la secuencia a través un láser con su respectivo detector. Sin embargo, su principal limitante era que sólo podía leer fragmentos de ADN de unos 1000 nucleótidos de longitud, una nada comparado con los 3200 millones que tiene nuestro genoma.


Hoy en día, secuenciar un genoma humano toma unos pocos días y puede llegar a costar solo 1000 dólares, gracias a los equipos de última generación que han salido al mercado. Sin embargo, estos aparatos requieren de un ambiente adecuado para realizar su trabajo debido a su tamaño y delicadeza.

Es por ello que la empresa británica Oxford Nanopore Technologies ha desarrollado un novedoso secuenciador llamado MinION. Tiene el tamaño de un celular y la energía requerida para funcionar llega a través de un cable USB conectado a una laptop. Fue lanzado al mercado en el 2015 y principalmente estuvo orientado al trabajo de campo. Lo han usado en el fondo del mar y en el espacio.

El secreto de esta tecnología radica en los poros nanoscópicos que posee, que es por donde pasa la molécula de ADN. Un detector ubicado en los nanoporos capta la señal eléctrica distintiva que posee cada uno de los nucleótidos (A, T, C y G), haciendo la lectura en tiempo real a una tasa de 250 bases por segundo.


De acuerdo con un estudio publicado esta semana en Nature Biotechnology, el dispositivo ha logrado secuenciar el 85% del genoma humano con una exactitud del 99,88%. No solo eso, el MinION fue capaz de detectar las marcas epigenéticas (pequeñas moléculas unidas a ciertos nucleótidos del ADN que activan o inactivan genes). "La secuenciación del genoma se puede convertir en una herramienta de rutina, incluso las personas podrían usarlo en sus hogares”, comenta Nicholas Loman, coautor del estudio.

Aquí un video de cómo funciona el MinION:

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