Una buena animación en 3D que nos muestra las partes que tiene un microscopio de pinzas ópticas, ahora que se ha inaugurado el Laboratorio de Manipulación y Visualización de Moléculas Individuales.
18 julio, 2009
16 julio, 2009
Plantas electrificadas
Que pasaría si pones una planta sobre una plancha metálica a la cual le estás haciendo pasar una carga eléctrica de 80000 voltios?... El fotógrafo Robert Buelteman tiene la respuesta:
Las plantas parecen colorearse gracias a la corriente eléctrica. El proceso para capturar estas asombrosas imágenes le tomó a Robert unos 10 años, invirtiendo 60 horas por semana para obtener tan sólo 80 fotos. Trabajando en la más completa oscuridad, el fotógrafo escoge plantas y flores para ponerlas sobre una plancha metálica sometida a una corriente eléctrica que pasa sobre ella. Además, él puede determinar en que áreas desea enfocar dicha corriente eléctrica ayudándose, tan solo, de una simple batería de automóvil.
Por extraño que parezca, los bordes de las hojas y flores de la planta una radiación invisible para nuestros ojos, pero que puede ser capturada por una cámara fotográfica gracias a la ayuda de la fibra óptica, que transforma esta radiación en luz visible.
Vía Dailymail. (Click para ver más imágenes).
Las plantas parecen colorearse gracias a la corriente eléctrica. El proceso para capturar estas asombrosas imágenes le tomó a Robert unos 10 años, invirtiendo 60 horas por semana para obtener tan sólo 80 fotos. Trabajando en la más completa oscuridad, el fotógrafo escoge plantas y flores para ponerlas sobre una plancha metálica sometida a una corriente eléctrica que pasa sobre ella. Además, él puede determinar en que áreas desea enfocar dicha corriente eléctrica ayudándose, tan solo, de una simple batería de automóvil.Por extraño que parezca, los bordes de las hojas y flores de la planta una radiación invisible para nuestros ojos, pero que puede ser capturada por una cámara fotográfica gracias a la ayuda de la fibra óptica, que transforma esta radiación en luz visible.
Vía Dailymail. (Click para ver más imágenes).
15 julio, 2009
Si los más grandes científicos de la historia "twitearan"...
13 julio, 2009
Reglas generales para la elección del codón óptimo
En nuestros cursos de biología general nos han enseñado que el código genético es degenerado, es decir, un mismo aminoácido puede ser codificado por varios codones (tripletes de nucleótidos). A pesar de ello, los organismos vivos tienen una preferencia por usar uno en mayor proporción. Aún no está claro si es que esta preferencia se debe a la acción de la selección natural a nivel de la traducción o que han dirigido la preferencia a determinados codones.
Un grupo de investigadores de la Universidad de Arizona realizaron un estudio para entender mejor este fenómeno que ha intrigado a los biólogos por muchos años. Para ello, se enfocaron en el porcentaje de guaninas (G) y citosinas (C) contenido en las regiones intergenéticas, usando los genomas completos de 675 bacterias, 52 arqueas y 10 hongos.
Se identificaron aquellos genes que codificaban proteínas con más de 50 aminoácidos y se examinó la frecuencia con la que aparecían cada uno de los codones para determinar el óptimo o favorito. Luego se clasificaron los codones en familias según si eran ricos en GC o en AT. A los más ricos en GC se les dio un valor de 1; a los más ricos en AT, -1; y, a los que tienen un contenido intermedio de GC, cero. Luego se sumaron los escores y se dividieron entre el número de familias. Si un organismo tiene más codones ricos en GC tendrá un escore final mayor a 0, si tiene más codones ricos en AT tendrá un escore menor a 0.
Estos valores luego se plotearon y se encontró una clara correlación entre los que tienen más contenido intergenético de GC tienen más codones óptimos ricos en GC. Lo mismo ocurría con los que son más ricos en AT cuyos codones óptimos también son ricos en AT. Estos resultados se repitieron en arqueas y hongos.
Esto es solo un primer avance en determinar que reglas rigen la elección del codón óptimo en los organismos vivos. Hasta ahora se ha concluido que el porcentaje de GC presenten en las regiones intergenéticas juegan un papel importante en la elección del codón óptimo.
Referencia:
Hershberg, R., & Petrov, D. (2009). General Rules for Optimal Codon Choice PLoS Genetics, 5 (7) DOI: 10.1371/journal.pgen.1000556
Un resultado raro se obtuvo con la Drosophila melanogaster, ya que esta mosca a pesar de tener un contenido intergenético rico en AT, sus codones óptimos son ricos en GC. La explicación que le dan es que a pesar de su bajo contenido en GC la D. melanogaster usa una mayor proporción de codones ricos en GC que otros organismos.
Otro resultado mostraba que aquellos organismos que tenían altos porcentajes de GC en las regiones intergenéticas, para los aminoácidos que eran codificados por cuatro codones, preferían usar codones con C en vez de G para la Treonina y Glicina, y usaban preferiblemente G en vez de C para Prolina y Valina. En cambio, cuando el organismo era rico en AT en las regiones intergenéticas, no tenía una clara preferencia por T o A.
Esto es solo un primer avance en determinar que reglas rigen la elección del codón óptimo en los organismos vivos. Hasta ahora se ha concluido que el porcentaje de GC presenten en las regiones intergenéticas juegan un papel importante en la elección del codón óptimo.Referencia:
Hershberg, R., & Petrov, D. (2009). General Rules for Optimal Codon Choice PLoS Genetics, 5 (7) DOI: 10.1371/journal.pgen.1000556
12 julio, 2009
Quieren monólogo?
A muchos de nosotros, de seguro, nos gustaban los monólogos de Adal Ramones en su programa "Otro Rollo"... y, como biólogos que somos, siempre soñábamos con que haga un monólogo científico, pero nunca fue así... hasta que un biólogo norteamericano graduado de la Unversidad de California San Diego, con un PhD en Ecología y Evolución en la Universidad de California Davis, dejó de lado la investigación y esta ciencia por dedicarse de tiempo completo a la comicidad.
Tim Lee es un monologuista que habla acerca de temas científicos, especialmente temas desde un punto de vista biológico, que se gana la vida presentando shows en diferentes escenarios norteamericanos. Sus espectáculos son muy concurridos, no solo por la comunidad científica, también por el público común y corriente.
Es otra alternativa para ejercer nuestra carrera de manera rentable.
10 julio, 2009
¿Por qué tanto miedo al bromuro de etidio?
El bromuro de etidio (BrEt) es un agente químico muy usado en técnicas de biología molecular para teñir nuestros geles de agarosa y poder apreciar nuestras bandas de ADN; ya sean de los productos de extracción o de PCR. Existen dos formas de teñir los geles: i) remojando el gel de agarosa por 15 minutos en una bandeja con BrEt (0,5 mg/L) después de haber hecho la electroforesis o ii) añadiendo el BrEt directamente al gel al momento de prepararlo. Con la primera evitamos contaminar nuestra cámara de electroforesis con BrEt y con la segunda evitamos exponernos a salpicaduras y otros accidentes que pueden ocurrir al hacer la tinción en bandeja.
Se han dado cuenta que desde que entramos a un laboratorio de biología molecular nos tienen traumados con el BrEt: "¡Cuidado que te salpique!", "¡no lo huelas!", "¡usa tres guantes!", "¡no es por ese lado!", "¡si te cae en la piel te va a dar cáncer y te puedes morir!", entre otras cosas más.
Si bien se han hecho una serie de estudios in vitro acerca de los potenciales efectos del BrEt, encontrándose un potencial efecto carcinogénico, teratogénico, con capacidad de cambiar el marco de lectura de los genes, causando mutaciones genéticas y recombinaciones cromosómicas (sí que da miedo), no se ha provisto de evidencia suficiente que demuestre un efecto genotóxico en organismos más complejos que simples líneas celulares o tejidos embrionarios. Es más, hasta ahora no se ha demostrado un efecto carcinogénico en ningún animal.
Por muchos años el BrEt ha sido administrado al ganado para el tratamiento de la enfermedad del sueño africana, a una dosis de 1 mg/kg por vía subcutánea o intramuscular. Sin embargo, hasta ahora no se ha reportado algún tipo de complicación carcinogénica o tumoral en estos animales, así como tampoco defectos congénitos en las crías. Esto quiere decir que el BrEt es menos genotóxico de lo que presumían los estudios in vitro.
En biología molecular usamos concentraciones de 0,5 mg/L, unas 2000 veces menor que del 50% de la dosis letal (LD50) que es más de 2 g/Kg, tanto para absorción oral como cutánea. Para un investigador como yo, que pesa unos 60 Kg aproximadamente, necesitaría tomar o lavarme las manos con unos 200 mil litros de la solución de tinción de BrEt para alcanzar el 50% de la dosis letal, lo cual es prácticamente imposible: son aproximadamente 50 mil galones de BrEt para tinción, con esto podría llenar el tanque de combustible de 2000 automóviles.
Ya ven, no hay que tenerle mucho miedo al BrEt, más miedo hay que tenerle al inocuo SYBR Green, un tinte para geles de electroforesis que se cree seguro. Se han hecho estudios que han demostrado una mayor genotoxicidad del SYBR sobre ratones que el propio BrEt.
Así que desde hoy... todos a brindar con Bromuro de Etidio.
Referencias:
National Toxicology Program.
RRResearch.
Se han dado cuenta que desde que entramos a un laboratorio de biología molecular nos tienen traumados con el BrEt: "¡Cuidado que te salpique!", "¡no lo huelas!", "¡usa tres guantes!", "¡no es por ese lado!", "¡si te cae en la piel te va a dar cáncer y te puedes morir!", entre otras cosas más.
Si bien se han hecho una serie de estudios in vitro acerca de los potenciales efectos del BrEt, encontrándose un potencial efecto carcinogénico, teratogénico, con capacidad de cambiar el marco de lectura de los genes, causando mutaciones genéticas y recombinaciones cromosómicas (sí que da miedo), no se ha provisto de evidencia suficiente que demuestre un efecto genotóxico en organismos más complejos que simples líneas celulares o tejidos embrionarios. Es más, hasta ahora no se ha demostrado un efecto carcinogénico en ningún animal.
Por muchos años el BrEt ha sido administrado al ganado para el tratamiento de la enfermedad del sueño africana, a una dosis de 1 mg/kg por vía subcutánea o intramuscular. Sin embargo, hasta ahora no se ha reportado algún tipo de complicación carcinogénica o tumoral en estos animales, así como tampoco defectos congénitos en las crías. Esto quiere decir que el BrEt es menos genotóxico de lo que presumían los estudios in vitro.
En biología molecular usamos concentraciones de 0,5 mg/L, unas 2000 veces menor que del 50% de la dosis letal (LD50) que es más de 2 g/Kg, tanto para absorción oral como cutánea. Para un investigador como yo, que pesa unos 60 Kg aproximadamente, necesitaría tomar o lavarme las manos con unos 200 mil litros de la solución de tinción de BrEt para alcanzar el 50% de la dosis letal, lo cual es prácticamente imposible: son aproximadamente 50 mil galones de BrEt para tinción, con esto podría llenar el tanque de combustible de 2000 automóviles.
Ya ven, no hay que tenerle mucho miedo al BrEt, más miedo hay que tenerle al inocuo SYBR Green, un tinte para geles de electroforesis que se cree seguro. Se han hecho estudios que han demostrado una mayor genotoxicidad del SYBR sobre ratones que el propio BrEt.
Así que desde hoy... todos a brindar con Bromuro de Etidio.
Referencias:
National Toxicology Program.
RRResearch.
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