Blogs: Barómetros de felicidad

Con la era de la Web 2.0 que vivimos, los blogs y demás redes sociales se han convertido en herramientas tan comunes que son millones de personas en el mundo las que lo utilizan. Las personas se han acostumbrado a expresar sus sentimientos a través de estos medios. Es muy común ver en la cuenta de Facebook o Hi5 de un amigo "me siento feliz", "me siento estresado", "me siento avergonzado porque no recuerdo que hice anoche", o en un blog "me siento indignado con lo ocurrido en Bagua". Así que dos investigadores de la Universidad de Vermont, Peter Dodds y Christopher Danforth, ambos especializados en matemática aplicada, determinaron que la felicidad de las personas se ha incrementado en los últimos años.

Estos investigadores analizaron más de 2.4 millones de blogs (todos en inglés) vía www.wefeelfine.org buscando frases que contengan las palabras I feel (Me siento) obteniendo más de 1034 frases que expresaban algún tipo de emoción. Todas estas frases luego fueron categorizadas en un ranking establecido por un estudio psicológico en 1999 que va desde 1 (miserable) hasta 9 (extático). A partir de las frecuencias y escores obtenidos por cada frases hallaron el "factor de felicidad"para cada día y mes de cada año.

Los investigadores observaron que la felicidad iba en aumento en los últimos 4 años y reportaron que días fueron los más felices y tristes de la blogósfera. Estos resultados fueron publicados en el Journal of Happiness Studies. En navidad y San Valentín los picos aumentaban considerablemente, siendo el día más feliz desde el 2005 fue el 4 de Noviembre del 2008, el día que Obama fue elegido presidente de los Estados Unidos. Por otro lado, los picos caen los 11 de Setiembre de cada año, siendo la muerte de Michael Jackson los 3 días más tristes de los últimos años.

Sería interesante hacer un estudio similar en nuestros blogs y redes sociales, para ver si nuestra felicidad va en aumento o no. Sería también muy interesante saber cual fue el día más feliz y el más triste en nuestro país. A diferencia de EEUU que los picos aumentan en Navidad, aquí bajan por todos los gastos que tenemos, también los picos caerán los días que juega la selección y los días que hay paro de transportistas. Los picos aumentarán los feriados largos, los fin de ciclo , y siendo el día más feliz, de seguro, cuando "la señito" llamó a "la urraca".

Para ustedes, cuales fueron los días más tristes y felices de los últimos 5 años?

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Mapeando la forma del genoma del VIH

Cuando hablamos de mapeo genético, generalmente nos referimos a la posición de los genes dentro del genoma, y esto lo hacemos generalmente usando técnicas de secuenciamiento genético. Pero debemos distinguir que no sólo podemos secuenciar el ADN, también podemos secuenciar el ARN y hasta las proteínas. Primero empezamos con la genómica, que consistía en todo referente a los genes, donde se ubican, cual es su secuencia, como se expresan, como evolucionan, etc... luego vimos que eso no era suficiente para explicar como estos genes eran expresados, así que en ese momento nació la transcriptómica, que se enfocaba en el ARN, osea, en todos aquellos genes que eran transcritos a ARNm, en otras palabras, los genes que supuestamente estaban siendo expresados. También estudiaba las interacciones genéticas, los exones e intrones (regiones no codificantes) y la regulación de la expresión genética a nivel pos-transcripcional. Luego vino la proteómica, donde se analizaban todas las proteínas de un organismo. Se obvservó que a pesar que muchos genes eran transcritos a ARNm, algunos no llegaban a traducirse hasta proteínas, así que la proteómica también estudiaba eso, la regulación de la expresión genética a nivel pos-traduccional, la interacción entre proteínas, su estructura tridimensional, sus funciones, etc... pero aun quedaba un vacío... habían ciertos genes que tenían otro tipo de regulación de su expresión, que no tenía que ver con el ADN ni con factores de transcripción, sino con ciertas modificaciones que se daban en su estructura (metilaciones, acetilaciones, etc.) que también ejercían un efecto sobre la expresión genética, fue así que nació la epigenómica. Pero, todo esto no era suficiente para explicar el funcionamiento de los organismos, así que nacieron la metabolómica que estudia a todas las moléculas (desde la glucosa hasta las proteínas), intermediarios metabólicos y productos finales de las vías metabólicas, la flujómica, la glicómica, y muchas ómicas más. Pero se olvidaron de algo al estudiar la expresión de los genes.

Las cadenas de ADN o ARN no son como nos los pintan en los libros, lineares como cables de luz o circulares como anillos. Las hebras de ADN y ARN son estructuras extremadamente complejas. Si bien dentro de los nucleosomas y cromosomas se encuentran altamente empaquetados y comprimidos, si le damos un espacio para que puedan "estirarse" verán que estas cadenas de nucleótidos adquieren una arquitectura tridimensional, formando remolinos y horquillas. Estas estructuras complejas también ejercen un control sobre la expresión genética, ya que pueden exponer u ocultar secuencias genéticas, facilitando o dificultando el acceso de las ARN polimerasas a estos lugares.

Así que investigadores de la Universidad de Carolina del Norte están tratando de elaborar el mapa tridimensional de la forma del genoma del VIH. Recordemos que el Virus de Inmunodeficiencia Humana es el causante del SIDA, este virus tiene un genoma compuesto por ARN de una sola hebra, a diferencia de otros genomas que están compuestos por ADN de cadena doble. Con la ayuda de moléculas que se pegan al ARN del virus, están tratando de trazar la forma y arreglo de su genoma. La técnica es como poner foquitos a lo largo de una carretera, al encender los foquitos en la noche, podremos ver la forma de la carretera, como las luces de un árbol de navidad.

Ha sido muy difícil trabajar con el genoma del VIH, por esta razón, sólo la quinta parte de sus genes se han podido ubicar espacialmente dentro del genoma. Si no se conoce la forma y estrucutra de su genoma, es muy difícil que las máquinas puedan hacer una descripción detallada de cada uno de sus genes.

Aunque aún no se yha terminado de hacer este mapa, hasta lo que se tiene avanzado se ha podido observar que la arquitectura de ciertos puntos clave del genoma del VIH que coordinan entre sí para la expresión de ciertos genes, los científicos están buscando aquellos puntos que son claves para el ensamblaje de las nuevas partículas virales y poder elaborar nuevos antivirales que ayuden a contrarestar la infección.

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Oh no¡¡¡

No sé por qué me sentí aludido con esta caricatura...

Vía XKCD.

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Las plantas se resisten al "barcoding"

... Imagínense un día tener un aparatito, que con sólo poner una pequeña muestra de sangre de un animal o una pequeña hojita de una planta, nos pueda identificar que especie es, y no sólo eso, decirnos además a que género y familia pertenece, en que zonas las podemos encontrar, cual es su ciclo de vida, y toda la información necesaria para conocer más a fondo a esa especie... Este aparatito tiene el nombre de Gene Barcoder (un lector de códigos de barras genético), el cual usa regiones conservadas del ADN de un organismo para poder identificarlo.

Este pequeño relato no está muy lejos de la realidad. El Consorcio para el Código de Barras de la Vida (CBOL) es una iniciativa internacional que busca codificar cada una de las especies del planeta usando pequeñas secuencias conservadas de ADN (DNA bar code); de esta manera, realizar estudios sistemáticos, filogenéticos y de conservación.

En los animales, esta iniciativa tiene un rápido avance gracias a una pequeña región mitocondrial altamente conservada, la subunidad 1 de la citrocomo oxidasa c (COI); sin embargo, los científicos están sufriendo mucho por encontrar su análogo en las plantas. Hasta el momento se tienen tres genes candidatos, todos ellos pertenecientes al ADN del cloroplasto: matK, rbcL y trnH-psbA.

matK y rbcL fueron los dos primeros candidatos para el barcoding vegetal, pero se encuentran lejos de ser perfectos para esta tarea. Por esta razón se añadió un tercer gen, el trnH-psbA. De estos tres candidatos, finalmente se escongerán a los dos mejores.

La principal característica que deben tener estos genes para ser usados como un barcode es que puedan ser leídos rápidamente y sin problemas por los secuenciadores automáticos. El gen rbcL genera una buena calidad de secuencias, y sus primers y demás reagentes usados en el secuenciamiento funcionan, perfectamente en una gran variedad de plantas; además, su capacidad para discriminar especies es de más del 61%. Por otro lado, el gen trnH-psbA, genera una baja calidad de secuencias, debido a la presencia de largas repeticiones de mononucleótidos, que generan errores de lectura en los secuenciadores genéticos. Su tasa de discriminación es superior al 69%. El gen matK también genera una buena calidad de secuencias, pero no tiene primers que puedan ser reconocidos por todos los grupos de plantas. Los primers trabajan muy bien en las plantas angiospermas, con un 90% de efectividad, pero es menos eficiente en las gimnospermas con un 83% de efectividad y es extremadamente ineficiente en las criptógamas con sólo 10% de eficiencia. Para poder superar estos obstáculos, los científicos están buscando genes suplementarios como las regiones ITS del ADN ribosomal.

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Otra forma de ver nuestras células

Ahora ya no me limitaré sólo a poner las caricaturas, sino que las traduciré...

Vía SMBC Comics.

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Los "papers" del futuro

La prestigiosa revista científica Cell está lanzando un proyecto para redefinir la forma en que se presentan los artículos científicos en línea. Article of the future, es el nombre del proyecto.

Usando las últimas técnicas de visualización, Cell pretende dar una mayor interactividad a la forma de leer los papers, de una manera más interactiva. Las partes del artículo (introducción, materiales y métodos, resultados, etc.) están separadas por pestañas y además presentan una imagen que unifica todo el contenido de la investigación, osea un abstract gráfico. Presenta una sección donde se pone una lista de los resultados claves del artículo y también una entrevista al autor vía un podcast o un video animado explicando sus resultados obtenidos y sus apreciaciones acerca de la investigación.

Una de las cosas más novedosas de esta nueva presentación on-line de los artículos científicos es que presenta los gráficos con sectores clickeables, uno puede navegar a través de la imagen. También presenta una sección con el resumen del procedimiento experimental para que el trabajo pueda ser reproducido por otros investigadores. Las referencias bibliográficas y las citaciones se dan en tiempo real simplemente haciéndole click.

Para ver los 2 prototipos que se encuentran en votación visiten los siguientes links:

Prototipo 1
Prototipo 2

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Nature vs Science

La historia de la rivalidad de las dos revistas de divulgación científica más importantes de nuestro medio (había escrito todo un artículo referente a esto pero por errores informáticos se borró todo y me da mucha pereza escribirlo de nuevo)

Vía PhDComics

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