31 julio, 2009

27 julio, 2009

Los "papers" del futuro

La prestigiosa revista científica Cell está lanzando un proyecto para redefinir la forma en que se presentan los artículos científicos en línea. Article of the future, es el nombre del proyecto.

Usando las últimas técnicas de visualización, Cell pretende dar una mayor interactividad a la forma de leer los papers, de una manera más interactiva. Las partes del artículo (introducción, materiales y métodos, resultados, etc.) están separadas por pestañas y además presentan una imagen que unifica todo el contenido de la investigación, osea un abstract gráfico. Presenta una sección donde se pone una lista de los resultados claves del artículo y también una entrevista al autor vía un podcast o un video animado explicando sus resultados obtenidos y sus apreciaciones acerca de la investigación.

Una de las cosas más novedosas de esta nueva presentación on-line de los artículos científicos es que presenta los gráficos con sectores clickeables, uno puede navegar a través de la imagen. También presenta una sección con el resumen del procedimiento experimental para que el trabajo pueda ser reproducido por otros investigadores. Las referencias bibliográficas y las citaciones se dan en tiempo real simplemente haciéndole click.

Para ver los 2 prototipos que se encuentran en votación visiten los siguientes links:

Prototipo 1
Prototipo 2

24 julio, 2009

Nature vs Science

La historia de la rivalidad de las dos revistas de divulgación científica más importantes de nuestro medio (había escrito todo un artículo referente a esto pero por errores informáticos se borró todo y me da mucha pereza escribirlo de nuevo)



Vía PhDComics

18 julio, 2009

16 julio, 2009

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Plantas electrificadas

Que pasaría si pones una planta sobre una plancha metálica a la cual le estás haciendo pasar una carga eléctrica de 80000 voltios?... El fotógrafo Robert Buelteman tiene la respuesta:

Las plantas parecen colorearse gracias a la corriente eléctrica. El proceso para capturar estas asombrosas imágenes le tomó a Robert unos 10 años, invirtiendo 60 horas por semana para obtener tan sólo 80 fotos. Trabajando en la más completa oscuridad, el fotógrafo escoge plantas y flores para ponerlas sobre una plancha metálica sometida a una corriente eléctrica que pasa sobre ella. Además, él puede determinar en que áreas desea enfocar dicha corriente eléctrica ayudándose, tan solo, de una simple batería de automóvil.

Por extraño que parezca, los bordes de las hojas y flores de la planta una radiación invisible para nuestros ojos, pero que puede ser capturada por una cámara fotográfica gracias a la ayuda de la fibra óptica, que transforma esta radiación en luz visible.

Vía Dailymail. (Click para ver más imágenes).

15 julio, 2009

13 julio, 2009

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Reglas generales para la elección del codón óptimo

En nuestros cursos de biología general nos han enseñado que el código genético es degenerado, es decir, un mismo aminoácido puede ser codificado por varios codones (tripletes de nucleótidos). A pesar de ello, los organismos vivos tienen una preferencia por usar uno en mayor proporción. Aún no está claro si es que esta preferencia se debe a la acción de la selección natural a nivel de la traducción o que han dirigido la preferencia a determinados codones.

Un grupo de investigadores de la Universidad de Arizona realizaron un estudio para entender mejor este fenómeno que ha intrigado a los biólogos por muchos años. Para ello, se enfocaron en el porcentaje de guaninas (G) y citosinas (C) contenido en las regiones intergenéticas, usando los genomas completos de 675 bacterias, 52 arqueas y 10 hongos.

Se identificaron aquellos genes que codificaban proteínas con más de 50 aminoácidos y se examinó la frecuencia con la que aparecían cada uno de los codones para determinar el óptimo o favorito. Luego se clasificaron los codones en familias según si eran ricos en GC o en AT. A los más ricos en GC se les dio un valor de 1; a los más ricos en AT, -1; y, a los que tienen un contenido intermedio de GC, cero. Luego se sumaron los escores y se dividieron entre el número de familias. Si un organismo tiene más codones ricos en GC tendrá un escore final mayor a 0, si tiene más codones ricos en AT tendrá un escore menor a 0. 

Estos valores luego se plotearon y se encontró una clara correlación entre los que tienen más contenido intergenético de GC tienen más codones óptimos ricos en GC. Lo mismo ocurría con los que son más ricos en AT cuyos codones óptimos también son ricos en AT. Estos resultados se repitieron en arqueas y hongos.


Un resultado raro se obtuvo con la Drosophila melanogaster, ya que esta mosca a pesar de tener un contenido intergenético rico en AT, sus codones óptimos son ricos en GC. La explicación que le dan es que a pesar de su bajo contenido en GC la D. melanogaster usa una mayor proporción de codones ricos en GC que otros organismos.


Otro resultado mostraba que aquellos organismos que tenían altos porcentajes de GC en las regiones intergenéticas, para los aminoácidos que eran codificados por cuatro codones, preferían usar codones con C en vez de G para la Treonina y Glicina, y usaban preferiblemente G en vez de C para Prolina y Valina. En cambio, cuando el organismo era rico en AT en las regiones intergenéticas, no tenía una clara preferencia por T o A. 

Esto es solo un primer avance en determinar que reglas rigen la elección del codón óptimo en los organismos vivos. Hasta ahora se ha concluido que el porcentaje de GC presenten en las regiones intergenéticas juegan un papel importante en la elección del codón óptimo.

Referencia:

Hershberg, R., & Petrov, D. (2009). General Rules for Optimal Codon Choice PLoS Genetics, 5 (7) DOI: 10.1371/journal.pgen.1000556
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