16 noviembre, 2010

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Se identifican los genes responsables de la tolerancia al arsénico en las plantas

Cuando uno escucha hablar del arsénico, automáticamente se nos viene a la mente relacionarlo con un veneno, y es verdad, el arsénico es un elemento químico altamente tóxico, no sólo para el hombre, sino también para la mayoría de los seres vivos. La Organización Mundial de la Salud (OMS) ha establecido que concentraciones superiores a 10ug/L pueden provocar efectos perjudiciales sobre la salud.

A pesar de esto, el arsénico es ampliamente usado en la industria humana, por ejemplo, enfermedades como la sífilis y la tripanosomiasis son tratadas con arsénico, mientras que herbicidas y pesticidas como el DSMA, poseen altas concentraciones de este metaloide en su formulación. El uso excesivo de estos herbicidas y pesticidas en la agricultura, así como los desechos de las minas, han aumentado las concentraciones de arsénico en aguas que son usadas tanto para el consumo humano como para el riego de los campos de cultivo, llegando a concentraciones por encima de los límites establecidos por la OMS.

Muchas plantas tienen la capacidad de tolerar altas concentraciones de arsénico sin sufrir daño alguno, esto gracias a un mecanismo de desintoxicación que acumula el metal pesado dentro de sus vacuolas. Sin embargo, esta habilidad tiene sus pros y sus contras… Por un lado, se podrían usar estas plantas para recuperar los suelos y aguas contaminadas con metales pesados mediante la fitorremediación, pero por el otro, estas plantas podrían acumular altas concentraciones de metales pesados en sus órganos comestibles, perjudicando directamente la salud humana.

En Bangladesh, los acuíferos usados para el riego de los cultivos de arroz están muy contaminados con arsénico, alcanzando concentraciones superiores a los 50ug/L. Las plantas de arroz pueden tolerar estas altas concentraciones, pero el arsénico acumulado en sus vacuolas pasa a los granos de arroz que es el principal sustento alimenticio de la población. Así que para reducir la ingesta de arsénico a través de las plantas en poblaciones que viven en zonas altamente contaminadas, es necesario identificar los mecanismos implicados en la acumulación y desintoxicación de arsénico en las plantas.

Científicos de liderados por  Won-Yong Song de la Universidad de Zurich han revelado los genes involucrados en la tolerancia a arsénico en la planta modelo, Arabidopsis thaliana.

La clave del asunto se basa en la identificación de los transportadores específicos de arsénico, que desintoxican la planta a través del paso del metaloide desde citoplasma a las vacuolas, lugar donde son acumulados. Los principales candidatos eran los transportadores ABCC, que son una subfamilia de los transportadores ABC. Estos transportadores ABCC están involucrados con la resistencia múltiples antibióticos (bacterias multidrogo-resistentes), así como en la resistencia a metales pesados en levaduras y humanos. Este tipo de transportador también está presente en Arabidopsis.

De los 15 genes ABCC encontrados en Arabidopsis, dos estaban involucrados con la tolerancia al arsénico (atabcc1 y atabcc2). Cuando uno de los dos genes estaba ausente, la tolerancia se reducía ligeramente, pero cuando los dos genes estaban ausentes (doble knockout), la plana era sensible al arsénico y no crecía (Figura A: DSMA 100mg/L, B: As 50uM, E: ).

atabcc

Figura A: DSMA 100mg/L, B: As 50uM, (A y B in vitro) E: As 133.5uM (en suelo).
WT: tipo silvestre; abcc1 (sin transportador AtABCC1); abcc2 (sin transportador AtABCC2)
y abcc1/abcc2 (sin ninguno de los dos transportadores)

Luego, para comprobar si en realidad eran estos dos genes los involucrados con la tolerancia a arsénico en las plantas, insertaron estos dos genes en una cepa de levadura que carecía de transportadores ABCC. Cuando fueron sometidos a diversas concentraciones de arsénico, observaron que aquellos que tenían insertados los genes atabcc1 y atabcc2 aumentaron considerablemente su tolerancia al metaloide, pero no de una manera eficiente.

Entonces, la planta debería producir alguna sustancia más que favorezca el transporte del arsénico a las vacuolas. Los investigadores sabían que para que el arsénico – o cualquier otro metal pesado – pueda ser transportado en un organismo vivo, debe estar asociado o acomplejado con otra molécula llamada agente quelante. El quelante más conocido y usado es el glutatión, que no es más que un pequeño tripéptido (formado sólo por tres aminoácidos). Sin embargo, las plantas poseen otro agente quelante llamado las fitoquelatinas, que no es más que de dos a once moléculas de glutatión enlazadas.

Así que a diferencia de las levaduras que usan principalmente el glutatión (GT) para quelar el arsénico, las plantas usan sus fitoquelatinas. Entonces, para corroborar esta hipótesis, diseñaron levaduras capaces de producir las fitoquelatinas (FQ). Al repetir la prueba de tolerancia al arsénico, observaron que esta aumentó considerablemente con respecto a la levadura que no expresaba las fitoqulatinas, tanto así que toleraron concentraciones superiores a 100uM. De esto concluyeron que las proteínas AtABCC1 y AtABCC2 transportaban eficazmente el complejo FQ-As y no el complejo GT-As. Además, para completar esta parte del estudio, demostraron – con otro experimento – que el arsénico sólo no podía atravesar los transportadores ABCC, siendo necesaria la presencia de los agentes quelantes.

Si bien este estudio fue hecho en Arabidopsis y no en arroz u otra planta de consumo humano, los resultados pueden ser fácilmente extrapolables a otras familias ya que Arabidopsis thalaiana es la planta modelo por excelencia. Ahora sólo quedaría identificar genes homólogos a la atabcc1 y atabcc2 en otras especies de plantas.

Una de las principales aplicaciones sería mejorar la capacidad de captura de metales pesados a través de la sobre-expresión de los genes abcc1 y abcc2, ya que Song et al. también demostraron que dicha sobre-expresión aumentaba la tolerancia de Arabidopsis al arsénico de manera sustanciosa. Este estudio podría tener grandes implicancias en la fitorremediación, se podrían diseñar nuevas estrategias de purificación de las aguas de las minas antes de ser liberadas a los ríos así como bajar los niveles de metales pesados en aguas usadas para la agricultura.

Por otro lado, se podría reprimir o silenciar estos genes en los órganos comestibles de las plantas, para que el arsénico capturado en las raíces, hojas y los tallos no llegue a ser ingerido por las personas o animales.

Referencia:

ResearchBlogging.orgSong, W., Park, J., Mendoza-Cozatl, D., Suter-Grotemeyer, M., Shim, D., Hortensteiner, S., Geisler, M., Weder, B., Rea, P., Rentsch, D., Schroeder, J., Lee, Y., & Martinoia, E. (2010). Arsenic tolerance in Arabidopsis is mediated by two ABCC-type phytochelatin transporters Proceedings of the National Academy of Sciences DOI: 10.1073/pnas.1013964107

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El esqueleto de los personajes animados más conocidos

No podía dejar de pasar este link sin comentarlo…

Quien no ha visto alguna vez en su vida una exhibición de huesos y esqueletos, desde momias y dinosaurios en los museos, hasta de animales modernos en algún laboratorio o zoológico. Pero, esta exhibición de esqueletos, los dejará con la boca abierta… (Aquí le pongo los mejores)

Pacman

Piolín

Goofy

Mis favoritos… El coyote y el correcaminos

Y por si fuera poco, puedes ver hasta la anatomía de un perrito hecho con un globo!

También podrás encontrar los esqueletos de Bugs Bunny, el pato Donald, Pikachu, Tom & Jerry, Felix el Gato, etc… así como las anatomías de un muñeco de Lego® o de una gomita de Osito.

Galería completa en: http://www.jamesgunn.com/2010/06/15/skeletons-of-cartoon-characters/

Imperdible!

15 noviembre, 2010

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BioUnalm for dummies #1. Qué es un regulón?

Cuando redacto un artículo en el blog, trato de hacerlo lo más simple posible; sin embargo, siempre hay términos técnicos que no se pueden omitir, lo cual complican un poco el entendimiento del tema. Así que, usando la tecnología de una pizarra acrílica, unos cuantos plumones, una cámara fotográfica y un par de programas, se hará una animación explicando el tema de manera súper sencilla, o sea, for dummies.

For dummies es un término muy usado que se refiere a explicar algo de manera bastante sencilla. No pongo “BioUnalm para tontos” porque sonaría un poco despectivo. Aunque, si bien for dummies ya es una marca registrada de libros que explican una variedad de temas, desde la teoría de las cuerdas hasta como jugar póker, lo usaré para que sea reconocido fácilmente y sepan que se trata de un video explicativo.

Para esta primera edición, hice un video que explica de manera bastante sencilla que es un regulón, esto porque era un término usado en la entrada anterior que redacté. La idea es que sea entendible hasta para un niño, así que para los biólogos con conocimientos avanzados, será algo muy sencillo y simplista, aunque espero que les sea entretenido.

BioUnalm for dummies #1. Qué es un regulón?

Para hacer un trabajo de calidad, el video fue hecho íntegramente en HD, con la mejor resolución que hay para colgarlo en YouTube (720p), aunque soy consiente que el audio aún falta por mejorar, pero se necesita de un estudio de grabación para que salga de buena calidad, así que una pequeña recomendación para este primer video es subir un poco el volumen.

Espero sus críticas y comentarios para este primer video, y no se olviden de compartirlo, tal vez así más gente se interese por la biología. Puedes sugerirnos algún tema para explicarlo con este tipo de herramientas.

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FITBAR: una herramienta bioinformática para la predicción de regulones bacterianos

Las herramientas bioinformáticas derivadas de la biología computacional, han facilitado mucho la vida de los biólogos, cualquiera sea su rama de especialización, porque permiten – a través de modelos computacionales – predecir el comportamiento, función, relación, interacción, especialización, afinidad, etc. desde pequeñas moléculas hasta poblaciones de organismos.

Sin embargo, son los biólogos moleculares quienes han sacado un mayor provecho a la bioinformática, tanto así que tienen decenas de revistas científicas donde publican los resultados de experimentos hechos completamente en una computadora (in silico), ya no es necesario comprar costosos reactivos químicos, equipos de última generación y días de cultivo para determinar la función de un nuevo gen o proteína, o la interacción de una determinada droga con un organismo patógeno.

Por esta razón, todos los lunes hablaremos acerca de las nuevas herramientas bioinformáticas que son puestas en línea cada día. Casi todos los programas bioinformáticos son gratuitos y de libre acceso, esto debido a que, en su mayoría, son desarrollados usando softwares libres y porque la mejor forma de avanzar en el campo de la bioinformática es compartiendo los resultados obtenidos y generando nuevos datos que pueden ser analizados por otros investigadores.

Hoy hablaremos de un programa que nos permite predecir los sitios de unión de los genes a factores de transcripción específicos.

Primero, debemos saber qué es un regulón. De manera sencilla se conoce como regulón al grupo de genes que están regulados por un mismo factor de transcripción. El factor de transcripción es una proteína que se une a un gen para promover su expresión. Lo explicaremos con el siguiente video que preparé…

Entonces, la unión de proteínas reguladoras a sitios específicos en el ADN determina la precisión de la expresión de los genes cercanos a ese sitio de regulación, más aún en bacterias, donde muchos genes están agrupados en operones o son policistrónicos (un sólo gen puede codificar varias proteínas). Es así que la predicción de nuevos sitios de unión de factores de  transcripción es de suma importancia para poder entender las redes de regulación genética en las bacterias, sobre todo en aquellas que pueden ser patógenas para el hombre o aquellas usadas en la industria.

FITBARFITBAR (Fast Investigation Tool for Bacterial and Archaeal Regulons)  es una herramienta bioinformática online que permite identificar nuevos sitios de unión a proteínas en genomas de bacterias completamente secuenciados. Usando diferentes modelos estadísticos pueden predecir que secuencia puede ser un blanco para la unión de una proteína. Los algoritmos usados deben ser biológicamente significativos, para eso deben tener valores adecuados de posicionamiento, emparejamiento, entro-pía, etc.

El modelo predictivo de FITBAR fue validado mediante métodos experimentales in vitro y también in vivo. FITBAR fue capaz de predecir todos los sitios de unión de la proteína NagC (un regulador transcripcional que controla la expresión de varios sistemas fosfotransferasa).

Esta es una prueba más que las herramientas bioinformáticas facilitan el trabajo a los científicos. Si bien los resultados no son 100% precisos, si nos permiten hacer una rápida aproximación a lo que estamos buscando. A diferencia de las técnicas tradicionales, las herramientas bioinformáticas reducen considerablemente los costos, ya no se requieren de  tantos reactivos y kits, y se ahorra mucho tiempo y se puede trabajar desde casa!. Aunque siempre se recomienda que los resultados obtenidos in silico sean corroborados in vitro e in vivo.

Referencia:

ResearchBlogging.orgOberto, J (2010). FITBAR: a web tool for the robust prediction of prokaryotic regulons BMC Bioinformatics, 11 (554) : 10.1186/1471-2105-11-554

13 noviembre, 2010

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Las diferencias entre el hombre y la mujer al ver un video sexualmente explícito

Llegó el fin de semana, y como es de costumbre, hablaremos de temas más curiosos y entretenidos. En este caso comentaremos un artículo que salió en el 2008 en la revista The Journal of Sexual Medicine. El artículo trata en determinar las diferencias en la atención visual entre los hombres y las mujeres cuando ven un video sexualmente explícito (forma educada de decir película porno).

eyetrackingSi bien es cierto, son los hombres quienes parecen tener un mayor estímulo sexual que las mujeres cuando ven una película erótica (otra forma decente de decir película porno); hasta ahora no se había podido demostrar científicamente este “mito”. Gracias al uso de la tecnología del seguimiento ocular –técnica que también fue usada para determinar que ven primero los hombres en una mujer – el Dr. Akira Tsujimura y sus colaboradores pudieron determinar la atención visual de los participantes del experimento.

Tsujimura tomó a 22 voluntarios – 11 varones y 11 mujeres –perfectamente saludables, a los cuales se les puso frente de una pantalla con el equipo de seguimiento ocular puesto en sus cabezas y luego les pasaron dos películas sexuales: una con sexo explícito o otra más sana. Los investigadores tomaron los datos del seguimiento ocular cuadro por cuadro y determinaron el tiempo de duración y el punto de atención de las miradas de los participantes. Luego, evaluaron que regiones eran más atractivas tanto para el varón como para la mujer.

Cuando vieron el video “más sano”, como era de esperarse, el tiempo que tomaban en ver la cara y el cuerpo de la actriz fue mayor en el hombre que en la mujer, pero las mujeres veían de manera más prolongada el cuerpo y cara del actor así como las “regiones no humanas”, o sea, los detalles del ambiente donde se grababa la escena. Cuando no las mujeres fijándose más en los detalles.

Además observaron que los varones veían al sexo opuesto por un tiempo más prolongado que las mujeres, pero eran las mujeres quienes veían por un tiempo más prolongado su mismo sexo que los hombres. O sea, el varón miraba por más tiempo a la actriz que la mujer al actor, pero la mujer veía por más tiempo a la actriz que el varón al actor, esto quiere decir, que tanto el varón como la mujer sentían más placer de ver la cara de goce de la mujer.

En cuanto al video con harto sexo, no hubo diferencias significativas entre el hombre y la mujer, esto quiere decir que los patrones de comportamiento son iguales cuando el estímulo sexual es lo suficientemente explícito.

Referencia:

Tsujimura, A., Miyagawa, Y., Takada, S., Matsuoka, Y., Takao, T., Hirai, T., Matsushita, M., Nonomura, N. and Okuyama, A. (2009), Sex Differences in Visual Attention to Sexually Explicit Videos: A Preliminary Study. The Journal of Sexual Medicine, 6: 1011–1017. doi: 10.1111/j.1743-6109.2008.01031.x

12 noviembre, 2010

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Extractos de cerebro de pacientes con Alzheimer pueden inducir la enfermedad en ratas

El Alzheimer es una de las enfermedades neurodegenerativas más comunes en las personas de edad avanzada. Como su nombre lo dice, el sistema nervioso se va degenerando cada vez más con el tiempo, provocando una pérdida progresiva de la memoria  y otras capacidades mentales.

¿A qué se debe? Son muchas las proteínas relacionadas con esta enfermedad. El Alzheimer puede ser provocado por una hiperfosforilación de las proteínas Tau provocando la formación de ovillos neurofibrilares. Además, se han encontrado proteínas β-amiloide mal plegadas en los extractos de cerebros de pacientes con esta enfermedad, las cuales forman agregados proteicos. Cuando una proteína está mal plegada, no tiene una estructura tridimensional definida y pierde su función, y si no llega a ser procesada y degradada, puede generar problemas funcionales. Cuando estas proteínas mal plegadas forman agregados, pueden resistir la acción de los proteosomas que son los encargados de eliminar estas proteínas deficientes. Una vez que los agregados de β-amiloides mal plegados crecen, forman una estructura conocida como semilla, que después de un tiempo madura formando placas amiloideas.

Algo interesante que acabo de leer en un artículo publicado hoy en Science, es que estos agregados de β-amiloides mal plegados se pueden comportar a manera de priones. Para recordar, los priones son agregados supramoleculares de pequeñas glucoproteínas mal plegadas, que pueden transmitirse – como una infección – y producir enfermedades gracias a su capacidad de modificar el plegamiento de las proteínas sanas. Las enfermedades más conocidas debida a los priones es el de la famosa “vacas locas” y la enfermedad de Creutzfeldt-Jakob (que es como la enfermedad de las vacas locas pero en los humanos).

Si estos agregados de β-amiloides mal plegados (para abreviar: ) se comportan como priones, esto quiere decir que podrían ser contagiosos. Cuando los investigadores inyectaron extractos de cerebro de pacientes con Alzheimer en los cerebros de ratas, estas empezaron a formar Aβ, tal como un prión empieza a formar agregados de las proteínas sanas. En otras palabras, las ratas contrajeron el Alzheimer. Este estudio concluyó que la formación de las placas de Aβ era facilitada por la presencia de semillas de Aβ preformadas.

amyloidPero, habían algunas preguntas que tenían que ser resueltas. ¿Es el Alzheimer contagioso como lo puede ser la enfermedad de Creutzfeldt-Jakob? Si bien, nadie sería tan loco para inyectarse un extracto cerebral de un paciente de Alzheimer en su cerebro, tal vez existan otras formas de transmitirse estos Aβ. Cuando inyectaron a los ratones extractos de cerebro con Aβ por vía intravenosa, intraocular o intranasal, los ratones no mostraron signos de la enfermedad ni la formación de placas de Aβ en sus cerebros. Sin embargo, cuando se les inyectó el extracto vía intraperitoneal, los ratones empezaron a formar Aβ en sus cerebros.

Pero, ¿por qué cuando se inyectaron los extractos cerebrales vía intravenosa no causó los mismos efectos que cuando fue inyectado vía intraperitoneal? Hasta ahora esta pregunta no ha podido ser resuelta, pero los investigadores creen que las otras formas de administración podrían inducir la amiloidosis si el tiempo de incubación es más prolongado o la cantidad de semillas es lo suficientemente alta o tienen una forma especial.

Los investigadores liderados por Yvonne S. Eisele de la Universidad de Tübingen, también demostraron que el tiempo que toma en inducir la amiloidosis por vía intraperitoneal es mayor que por la periferia cerebral. Según reportan, toma de 2 a 5 meses más en inducir la formación de Aβ y se necesita de una concentración 1000 veces superior. También demostraron que sólo las β-amiloides cerebrales eran las afectadas y no las de otros tejidos adyacentes al punto de inoculación.

Los investigadores eliminaron los Aβ presentes en el extracto celular para ver si en realidad eran ellos los responsables de la inducción de la amiloidosis en los ratones sanos y no algún otro componente presente en él. Al inocular este extracto libre de Aβ en los ratones, no observaron efecto alguno. Los Aβ preexistentes eran los responsables de la formación de nuevos Aβ en los cerebros sanos.

Otros investigadores diseñaron Aβ sintéticos y los introdujeron en los cerebros de ratones sanos, tampoco observaron algún efecto. Este resultado fue similar a los obtenido con los priones. Cuando se inyectaba a una vaca con priones diseñados artificialmente, no observaron la expresión de la enfermedad en el animal. Estos resultados sugieren que la inducción de la formación de Aβ en los cerebros sanos requiere de algún factor de activación, que podrían ser lípidos o moléculas de ARN que funcionan como cofactores, o una conformación particular de los agregados amiloideos.

Otra pregunta que queda pendiente por estudio es como se da el mecanismo de transporte de los Aβ desde la región peritoneal hasta el cerebro, y como se da el transporte de la periferia hasta la masa interna cerebral. Pero, estos resultados podrían dar nuevos indicios para el diseño de drogas que bloqueen la transmisión de las Aβ al interior del cerebro o anticuerpos que capturen estos agregados en la periferia cerebral y los transporten a los proteosomas de manera específica.

Referencia:

ResearchBlogging.orgEisele, Y., Obermuller, U., Heilbronner, G., Baumann, F., Kaeser, S., Wolburg, H., Walker, L., Staufenbiel, M., Heikenwalder, M., & Jucker, M. (2010). Peripherally Applied A -Containing Inoculates Induce Cerebral  -Amyloidosis Science, 330 (6006), 980-982 DOI: 10.1126/science.1194516

Kim & Holtzman. Prion-Like Behavior of Amyloid-{beta} DOI: 10.1126/science.1198314

11 noviembre, 2010

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¿Cómo beben la leche los gatos?

De hecho que todos han visto como beben el agua los animales. Como la mayoría carece de mejillas completas, lo hacen con la lengua, a través del lamido. Los casos más conocidos son de los perros y los gatos porque son las mascotas más comunes de las personas. Sin embargo, en estos dos animales, la mecánica del lamido es diferente. Mientras que los perros usan su lengua a manera de una cuchara, los gatos se valen de ciertos principios de la física. Gracias al uso de cámaras de alta velocidad, científicos del Instituto Tecnológico de Massachusetts (MIT), liderados por Pedro M. Reis, han podido revelar la física detrás del mecanismo de lamido de los gatos.

Los principios físicos en los que se basa el mecanismo de bebida de los gatos son la adhesión del agua y la inercia. La parte dorsal de la lengua de los gatos tiran hacia arriba el agua. Luego, debido a la adhesión de las moléculas, se forma una columna de líquido. Gracias a la inercia, esta columna asciende, venciendo la fuerza de la gravedad. Luego, el gato cierra la boca y captura parte de esta columna de líquido.

Los investigadores diseñaron un sistema que asemeja la función de la lengua del gato:

water_column

El gato mueve su lengua a una velocidad de ~0.75m/s y lo hace a una frecuencia de 4 veces por segundo, bebiendo unos 0.14ml por cada lamida. O sea, si le das 50ml de leche, el gato tardaría ~1.5 minutos en beber todo.

Y por si fuera poco, al comparar la frecuencia de lamido de diferentes felinos, se dieron cuenta que esta era inversamente proporcional a la masa del animal, o sea, cuanto más grande era el felino (leones o tigres) la frecuencia de lamido era menor. Una lengua más grande podrá generar una columna de agua más grande y por lo tanto beberá más agua.

Videos:

WiredScience.
ScienceXpress: Video 1, Video 2, Video 3.

Referencia:

Reis, PM; et al. How Cats Lap: Water Uptake by Felis catus. Science. Published 11 November 2010 on Science Express DOI:  10.1126/science.1195421