08 abril, 2012

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7 formas cómo los animales usan la nanotecnología

La nanotecnología ha tenido un gran desarrollo en los últimos años. Gracias a ella, hoy contamos con dispositivos electrónicos cada vez más pequeños y eficientes. Sin embargo, la naturaleza lleva usándola por millones de años. Aquí algunos ejemplos:

Microlentes

Mosca_Ojos_1

Si pudiéramos ampliar los ojos de una mosca a una mayor escala veríamos que están conformados por cientos de lentes individuales, cada uno con su propia maquinaria óptica. A esto se le llama ojos compuestos. Son tan pequeños que fácilmente podríamos encontrar unos 2,000 de ellos. Sin embargo, si lo analizamos a través de un microscopio electrónico, observaríamos que la superficie lisa que parece tener, es sólo una ilusión. Las lentes están salpicadas por unas diminutas protuberancias llamadas “pezones de córnea”, que tienen 50 a 300 nanómetros (nm) de diámetro, y cuya función es evitar que la luz se refleje en sus ojos para que sus depredadores no se den cuenta de su presencia. O sea, les sirve para camuflarse. Este mismo patrón está siendo empleado por los ingenieros para desarrollar células solares anti-reflectoras mucho más eficientes.

En el 2010, científicos alemanes descubrieron otra función para los pezones de córnea: evitaba que el polvo, los granos de polen y otras partículas microscópicas se adhieran a sus ojos. Estas protuberancias generan una menor área de contacto con las partículas manteniendo siempre las lentes limpias.

Alas vistosas

mariposa_alas

¿Quién no ha visto mariposas con alas de espectaculares colores? De seguro, casi todos. Sin embargo, lo que la mayoría desconoce es que muchos de estos colores no son producidos por pigmentos —como la melanina que tiñe nuestra piel— sino por la disposición de sus escamas, las cuales moldean una serie de relieves en sus alas, formando valles, cordilleras, canales y cavidades. En otras palabras, las alas están formadas por unas complejas nanoestructuras que doblan y dispersan la luz que incide sobre ellas en diferentes direcciones, creando los llamativos colores que podemos observar.

Este mismo fenómeno físico hace que las alas de los mosquitos se vean iridiscentes (cambian de color según el ángulo en que los observamos).

mosquito_alas

Cuando el calor —en forma de rayos infrarrojos— inciden sobre las escamas, las cuales están hechas de una proteína llamada quitina, éstas se expanden cambiando su forma y, por lo tanto, los colores que producen. Es así que los científicos de General Electric están aprovechando esta misma propiedad para desarrollar sensores de imágenes térmicas mucho más sensibles que mejorarían la tecnología de la visión nocturna. Para amplificar el efecto, los investigadores cubrieron las alas de una mariposa azul del género Morpho con nanotubos de carbono, desarrollado así un insecto capaz de detectar cambios de temperatura de tan solo 0.04°C, tal como se puede apreciar en el siguiente video:

Plumas ostentosas

Las plumas de ciertas aves también presentan colores espectaculares. A diferencia de las mariposas, el color de sus plumas se da gracias a un diseño a escala nanométrica de sus células productoras de pigmentos.

pinguino_azul

En Nueva Zelanda y Australia vive un pingüino que lleva puesto un smoking de plumas azules —a diferencia de sus primos de la Antártida que llevan uno negro. Usando imágenes por rayos X, un grupo de investigadores norteamericanos liderados por Liliana D’Alba de la Universidad de Akron, descubrieron que los pingüinos producen este color de una manera novedosa para la ciencia. Las plumas están compuestas por nanofibras de β-queratina organizadas paralelamente —tal como si fueran fideos empaquetados en su bolsa— que dispersan la luz de tal manera que producen el color azul.

Insectos con paneles solares

La mayoría de las avispas son muy activas por las mañanas, pero poco durante el mediodía, cuando el calor del sol es más abrasador. Sin embargo, sus parientes orientales (Vespa orientalis)no muestran este mismo comportamiento. Estas avispas excavan en la tierra para hacer sus nidos a pesar que la luz solar los bombardea todo el tiempo. Es más, científicos de la Universidad de Tel Aviv descubrieron una correlación entre la actividad de excavación y la insolación de sus cuerpos. Al analizar su cutícula (una capa de quitina que las reviste y protege) observaron que presentaban unas nanoestructuras que les permitían atrapar gran parte de la energía del sol —como si fueran unos paneles solares vivientes— para que los pigmentos presentes en su exoesqueleto puedan absorberla y después transformarla en energía que es aprovechada para realizar su trabajo.

cuticula

La sección café de su abdomen presenta una cutícula marcada con ranuras de 160nm de grosor dispuestas en forma de una rejilla, las cuales ayudan a atrapar la luz que incide en las avispas. Por otro lado, la sección amarilla, presenta unas protuberancias entrelazadas de unos 50nm de alto que también capturan la luz. Además, en ellas encontraron un pigmento conocido como xantopterina, el cual puede convertir la luz en electricidad. Esto explicaría por qué estas avispas son más activas en días soleados, y por qué —como un estudio previo encontró— despiertan más rápido de la anestesia cuando se les da una ‘baldazo’ de luz UV.

Piel resbalosa

serpiente_piel

Las grandes serpientes como la pitón real (Python regius) parecen deslizarse por el suelo sin esfuerzo alguno. Pero su desplazamiento, es en realidad, una compleja interacción de movimientos musculares y física a pequeña escala. Si analizamos su piel a nivel nanoscópico, veremos que está formada por escamas recubiertas de unos diminutos pelitos llamados microfribrillas, que tienen menos de 400nm de espesor y apuntan todos en la misma dirección —hacia la cola de la serpiente. Los extremos de las microfibrillas se encuentran levantados unos 200nm sobre la piel, permitiéndoles un suave deslizamiento hacia adelante, pero les interrumpe cualquier movimiento hacia atrás o hacia los costados, incluso si se encuentran sobre una superficie inclinada, otorgándoles de un mejor agarre.

Dedos pegajosos

El geco tokay, son unos pequeños lagartos que utilizan la nanotecnología para adherirse a los arboles, paredes, ventanas y techos, gracias a unos pelos microscópicos llamados setas que recubren los dedos de sus patas, los cuales se ramifican en miles de pelos más pequeños formando terminaciones similares a brochas de 200nm de espesor.

geco_dedos

La superficie adicional que generan estas terminaciones maximiza el efecto de las fuerzas de van der Waals, una fuerza eléctrica muy débil que tira de cada molécula presente en el dedo del geco contra cada molécula presente en cualquier superficie donde se encuentre pegado. La fuerza combinada de cada una de estas interacciones es tan fuerte que la lagartija puede colgar todo su peso en un solo pie, incluso sobre un bloque de vidrio. Los ingenieros están usando los nanotubos de carbono para imitar los dedos del geco y producir cintas adhesivas más pegajosas, súper-pegamentos, incluso robots que caminan por las ventanas.

Fibras súper-resistentes

Las propiedades de la seda de las arañas son espectaculares. Con un grosor menor al de un cabello humano puede llegar a ser más resistente que una fibra de acero del mismo espesor, a parte de ser cientos de veces más elástico. Por esta razón, muchos científicos en el mundo está buscando la forma de sintetizarla en el laboratorio; una tarea sumamente complicada por ahora.

telaraña

Las proteínas que conforman la tela de la araña tienen composiciones químicas y estructurales diferentes, dependiendo de la especie y del uso que le den. A grandes rasgos, podemos decir que están hechos de un grupo de proteínas cristalizadas llamadas fibroínas, ricas en repeticiones de alanina o glicina y alanina, que se autoensamblan formando estructuras secundarias llamadas plegamientos beta, como si fueran panqueques. A nivel atómico, las capas están unidas a través de enlaces de hidrógeno que, en realidad, no son muy fuertes. Esto es una ventaja porque cuando la tela es estirada, los enlaces se desprenden y se reconstituyen con relativa facilidad, evitando que la tela se rompa.

Conclusiones

Como podemos ver, la naturaleza ha usado la nanotecnología por millones de años y los científicos e ingenieros están tratando de copiarlos para desarrollar materiales cada vez más resistentes, ligeros, elásticos, conductores y económicos.

Vía | Discover Magazine.

06 abril, 2012

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Resistencia a la artemisinina estudiado a nivel genético

Investigadores hallan región de 35,000 nucleótidos en el genoma del parásito de la malaria asociado a su resistencia a la artemisinina.

plasmodium

La malaria o paludismo es una enfermedad que cobra al menos unas 700,000 vidas al año. El principal responsable es un diminuto protozoario llamado Plasmodium falciparum, el cual es transmitido por la picadura de un mosquito (Anopheles). La incidencia de esta enfermedad se da principalmente en países ubicados en las zonas tropicales, como América del Sur, el África subsahariana y el sur Asiático.

El primer tratamiento efectivo contra esta enfermedad fue la quinina, obtenido a partir de la corteza del Árbol de la Quina (Cinchona ledgeriana), una planta endémica del Perú y que actualmente se encuentra en peligro de extinción. A principios de la década de 1950’s se empezó a usar la cloroquina como principal agente terapéutico, pero con el paso del tiempo, los parásitos adquirieron resistencia a ella y el fármaco perdió su efectividad gradualmente. Un par de décadas después, se descubrió la artemisinina en una planta usada en la medicina tradicional China. Este compuesto demostró tener una gran actividad sobre el parásito y poco a poco las terapias combinadas con artemisinina (ACTs, por sus siglas en inglés) pasaron a ser nuestra mejor línea de defensa.

Sin embargo, hace cinco años se reportó la presencia de parásitos resistentes a las ACTs en el oeste de Camboya. Estos parásitos permanecían por un mayor periodo de tiempo en la sangre del paciente una vez aplicado el tratamiento (baja tasa de aclaramiento). Además, se observó que en los últimos siete años, la resistencia alcanzó la frontera Tailandesa-Birmana, a 800 kilómetros del lugar donde apareció originalmente.

Con el fin de determinar las causas que promueven dicha resistencia, un grupo de investigadores liderados por el genetista Ian Cheeseman del Instituto de Investigación Biomédica de Texas (EEUU), compararon los genomas de parásitos provenientes de Tailandia, Camboya y Laos y encontraron una región de 35,000 pares de base (pb) asociada con la baja tasa de aclaramiento del parásito, según reportaron el 6 de Abril en Science.

Cheeseman y su equipo colectaron muestras de 91 poblaciones de parásitos de estos tres países y hallaron unas 7,000 mutaciones en 33 regiones del genoma que podrían estar relacionados con la resistencia a la artemisinina. Para confirmar dicha asociación, analizaron nuevamente estas regiones pero en parásitos obtenidos de muestras de sangre de 715 pacientes de malaria tailandeses colectadas entre el 2001 y 2010.

Lo interesante con estos pacientes es que la presencia de parásitos resistentes a la artemisinina era menor al 5% en el 2001, pero superior al 50% en el 2010. Un patrón similar apareció cuando se analizaron los resultados del análisis genético y estos no mostraron una asociación entre las mutaciones de las 33 regiones genómicas identificadas anteriormente con la baja tasa de aclaramiento en las muestras colectadas entre el 2001 y 2004, pero sí en las muestras colectadas entre el 2007 y 2010.

Además, Cheeseman y sus colaboradores descubrieron que habían dos mutaciones adyacentes en el cromosoma 13 que mostraban una gran relación con la resistencia a la artemisinina. Usando otro tipo de marcadores genéticos llamados microsatélites, los investigadores hicieron un mapa de este cromosoma y lograron identificar una región de 35,000pb que contenía las mutaciones que, según sus estimaciones, son responsables de más de la tercera parte de todos los casos de parásitos resistentes a las ACTs.

Dentro de esta región hay varios genes candidatos a ser los responsables de la resistencia, entre ellos el gen que codifica para la Hsp70, una proteína involucrada con la respuesta al estrés celular. Sin embargo, los investigadores son conscientes que aún queda mucho por investigar antes de determinar cuál es el responsable.

Estamos viendo algunas similitudes escalofriantes entre la aparición de genes de resistencia a los medicamentos anteriores —como la cloroquina o el anti-ácido fólico— con los que se ven ahora con la artemisinina”, comenta Chasseman, con cierta preocupación. Y no es para menos, las dos primeras resistencias a los que hacen referencia también se originaron al oeste de Camboya y se diseminaron por todo África y el resto del continente asiático. “Camboya podría ser el crisol donde se desarrollan las resistencias a todos los medicamentos antimaláricos”, sugiere.


Referencia:

ResearchBlogging.orgCheeseman, I., Miller, B., Nair, S., Nkhoma, S., Tan, A., Tan, J., Al Saai, S., Phyo, A., Moo, C., Lwin, K., McGready, R., Ashley, E., Imwong, M., Stepniewska, K., Yi, P., Dondorp, A., Mayxay, M., Newton, P., White, N., Nosten, F., Ferdig, M., & Anderson, T. (2012). A Major Genome Region Underlying Artemisinin Resistance in Malaria Science, 336 (6077), 79-82 DOI: 10.1126/science.1215966

Imagen | Flickr @algreer.

05 abril, 2012

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Claves del virus H5N1 desarrollados en el laboratorio revelados

Después de dar luz verde a la publicación de los controvertidos artículos sobre el virus H5N1, autor de uno de los estudios presenta detalles de su trabajo en Londres.

h5n1

En el 2003 apareció una cepa muy patógena del virus de la gripe H5N1, también conocida como gripe aviar. Desde entonces ha infectado a unas 600 personas en el mundo matando al 60%. Sin embargo, este virus no se disemina efectivamente entre los humanos porque es incapaz de aferrarse a las células de la nariz y garganta de las personas.

El año pasado, dos grupos de investigadores —uno del Centro Médico Erasmus (Holanda) y el otro de la Universidad de Wisconsin-Madison (EEUU)— manifestaron haber desarrollado dos nuevas versiones del virus que pueden transmitirse fácilmente entre los hurones, unos pequeños mamíferos considerados como buenos modelos biológicos para el estudio de la transmisión de la gripe en humanos.

Mutaciones y virulencia

El equipo holandés liderado por el Dr. Ron Fouchier insertó tres mutaciones a un virus silvestre obteniendo una cepa capaz de aferrarse a las células de la nariz de los hurones. Luego, usaron sus fluidos nasales para infectar a otros hurones. Después de repetir diez veces este proceso, los investigadores crearon un virus capaz de transmitirse directamente por el aire. El artículo fue aceptado para su publicación en Science.

Por otro lado, los investigadores norteamericanos liderados por el Dr. Yoshihiro Kawaoka tomaron genes de la cepa H1N1 que causó la pandemia de gripe del 2009 y lo insertaron en una cepa de la H5N1. El estudio, que espera ser publicado en Nature, revela que el virus quimérico también se transmite con facilidad entre los hurones, aunque no fue tan mortal como el virus obtenido por el grupo de Fouchier.

Estos trabajos proveen de un conocimiento básico sobre la capacidad de la H5N1 para mutar en versiones mucho más transmisibles. Sin embargo, la Junta Nacional de Asesoría para la Bioseguridad de la Ciencia de los Estados Unidos (NSABB) pidió a las dos revistas censurar estos artículos porque podrían ser usados por grupos terroristas para el desarrollo de armas biológicas. Por su parte, la Organización Mundial de la Salud, después de una reunión realizada en Ginebra, concluyó que los dos artículos deberían ser publicados en su totalidad.

Muchos no estaban de acuerdo con que un solo país rija la política científica mundial. En cambio otros opinaron que es una medida necesaria para evitar que la información sea aprovechada por malas personas. No obstante, los beneficios que traería entender los mecanismos que llevan a un virus a volverse más transmisible son grandes ya que se podría mejorar la efectividad de los tratamientos actuales y estar preparados para un posible brote.

Luz verde

Después de una moratoria impuesta a las dos revistas para la publicación de estos artículos, el comité de bioseguridad de EEUU lanza un nuevo comunicado en el se dictamina que los datos de los experimentos descritos “no parece que proporcionen información que pudiera permitir directamente el uso indebido de la investigación, de modo que se pusiera en peligro la salud o la seguridad nacional”.

Fouchier fue más abierto en dar ciertos detalles de su trabajo, el cual lo defendió públicamente. Kawaoka, por su parte, fue más reticente de hablar sobre él. Pero, una vez conocido el comunicado de la NSABB, Kawaoka dio ciertos detalles de su estudio en el encuentro de la Royal Society llevado a cabo esta semana en Londres.

Detalles del mutante

Lo que hicieron Kawaoka y su equipo fue insertar mutaciones aleatorias en el virus para alterar la Hemaglutinina (HA: proteína responsable de la unión de los virus a las células). De este experimento lograron aislar virus con dos mutaciones en la HA (la Asparragina por la Lisina y la Glutamina por la Leucina en las posiciones 224 y 226, respectivamente), que les permitiría unirse a las células de la tráquea humana, algo que normalmente no se da en los virus H5N1 silvestres.

Una vez obtenido este mutante, Kawaoka lo ‘mezcló’ con cepas de virus responsables de la pandemia de la gripe H1N1 del 2009, simulando el proceso por el cual los virus intercambian genes naturalmente. Aunque este nuevo virus no se transmitía por el aire, los investigadores encontraron que uno de los hurones presentaba altos niveles del virus en su nariz.

Tomaron una muestra del virus y al analizarlo vieron que cargaba una tercera mutación —la Asparragina por el Aspartato en la posición 158. Experimentos posteriores demostraron que dos de los seis hurones estudiados se contagiaron con el nuevo virus mutante sin tener un contacto directo con el infectado, o sea, a través del aire. En el transcurso del experimento, el virus adquirió una cuarta mutación más —la Treonina por la Isoleucina en la posición 318.

Estas cuatro mutaciones hacen que el virus se transmita a través del aire una de manera más eficiente —los seis hurones estudiados en el último experimento fueron contagiados. Sin embargo, ninguno de los animales murió y el virus se diseminó a una menor velocidad que la cepa H1N1 del 2009.

Tres de las cuatro mutaciones son nuevas para la ciencia y parecen estar relacionadas con la capacidad del virus diseminarse por el aire y de infectar las células de la nariz y garganta humana. La mutación N158D fue la única encontrada anteriormente en ciertas aves silvestres. Esta mutación afecta uno de los sitios donde una azúcar se una a la Hemaglutinina. Sin embargo, aún se desconoce en qué medida afecta el funcionamiento de la proteína.

Dentro de algunos días serán publicados los dos artículos en extenso.

Vía | Nature News.

Mirando hacia el futuro

Usuarios de internet de países con mayor ingreso per cápita buscan más información sobre los años futuros que sobre los años pasados.

google

Tal vez esa famosa frase “todo tiempo pasado fue mejor” sea más usada por personas que viven en países con menores ingresos per cápita. Y es que según un estudio publicado hoy en Scientific Reports, los internautas de países con un menor poder adquisitivo tienden a buscar información sobre cosas del pasado, a diferencia de los que viven en países ricos.

Hemos hecho un análisis comparativo entre diferentes países sobre las consultas realizadas en los motores de búsqueda que demuestra un fuerte vínculo entre el comportamiento online y los indicadores económicos del mundo real”, reporta el Dr. Tobias Preis, investigador de la Universidad de Boston y autor principal del estudio.

Lo que hicieron Preis y sus colegas fue calcular el ‘Índice de Orientación Futura’, un valor que se calcula dividiendo el número de búsquedas hechas sobre los años venideros entre el número de búsquedas hechas sobre los años pasados, de 45 países del mundo usando los datos obtenidos del Google Trends. Luego, compararon este índice con el ingreso per cápita de cada país encontrando una fuerte correlación entre estos dos valores.

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Nuestros resultados son consistentes con la intrigante posibilidad de que existe una relación entre el éxito económico de un país y el comportamiento en la búsqueda de información de los internautas”, concluyen los investigadores.


Referencia:

Preis, T., Moat, H.S., Stanley, H.E. & Bishop, S.R. Quantifying the Advantage of Looking Forward. Scientific Reports 2, 2-3 (2012). doi: 10.1038/srep00350

04 abril, 2012

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El mapa global de los vectores dominantes de la malaria

La malaria es una enfermedad provocada por un protozoario* (Plasmodium) que es transmitido a través de la picadura de los mosquitos del género Anopheles, el cual incluye al menos 465 especies formalmente reconocidas y 50 que esperan ser caracterizadas y nombradas. Aproximadamente 70 de estas especies tienen la capacidad de transmitir los parásitos de la malaria, siendo unas 41 consideradas como especies de vector dominantes. Sólo en el 2010, esta enfermedad ha afectado a más de 200 millones de personas en el mundo, cobrando más de 600,000 víctimas.

* En realidad son cuatro especies de Plasmodium los responsables de la malaria: P. malariae, P. vivax, P. falciparum y P. ovale.

Un grupo internacional de investigadores liderados por el Dr. Simon Hay de la Universidad de Oxford, han analizado un gran número de recisiones sobre los vectores dominantes de la malaria para elaborar un mapa de la distribución global de cada uno de ellos, el cual está disponible en línea a través del Malaria Atlas Project (MAP). La descripción de estudio fue publicado hoy en Parasites & Vectors.

malaria_map_global

Este mapa global representa el mejor indicador de la distribución de los vectores dominantes de la malaria. Accediendo al sitio oficial del proyecto podrán ver y descargar mapas mucho más detallados, elaborados por cada región y país del mundo. Además, podrán obtener datos cuantitativos relevantes sobre la prevalencia y mortalidad de la enfermedad, incluso información sobre poblaciones con genotipos resistentes.

Mapa de los límites espaciales de transmisión del P. falciparum en el 2010 en Perú

Pf_limits_2010_PER

Para acceder a estos recursos visiten: http://www.map.ox.ac.uk/


Referencia:

ResearchBlogging.orgSinka, M., Bangs, M., Manguin, S., Rubio-Palis, Y., Chareonviriyaphap, T., Coetzee, M., Mbogo, C., Hemmingway, J., Patil, A., Temperley, W., Gething, P., Kabaria, C., Burkot, T., Harbach, R., & Hay, S. (2012). A global map of dominant malaria vectors Parasites & Vectors, 5 (1) DOI: 10.1186/1756-3305-5-69

03 abril, 2012

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La paradoja del huevo y la gallina evolutivo

[Artículo publicado originalmente el 23 de Abril del 2010]

¿Quién fue primero, el huevo o la gallina? Una pregunta que ha hecho pensar a muchos, pero no desde el punto de vista literal o filosófico, sino genético y evolutivo. O como diría Richard Dawkins: 'la gallina no es más un invento del huevo para producir más huevos'.

En lo que concierne al origen de la vida, siempre nos hemos preguntado que se formó primero: la maquinaria capaz de replicar el material genético o el material genético capaz de codificar (crear) esa maquinaria. La respuesta fueron las ribozimas, pequeñas secuencias de ARN con la capacidad de auto-replicarse.

Vamos por partes. Todos los organismos vivos almacenamos nuestro “manual de construcción y funcionamiento” en secuencias de nucleótidos (ADN), y a toda esta información le llamamos genoma, el cual debe es replicado de manera precisa a través una enzima conocida como la ADN polimerasa. La copia de cada nucleótido siempre presenta una oportunidad de error —poner un nucleótido por otro— conocido como tasa de mutación por nucleótido (μ).
Por ejemplo, digamos que tenemos una pequeña secuencia de ADN de 100 nucleótidos de longitud y una μ del 2%. Entonces, después de replicar nuestra secuencia modelo tendremos dos secuencias: i) una normal (la que sirvió de molde) y ii) la replicada, que presentará dos nucleótidos mutados (diferentes al original). Tal vez dos mutaciones puntuales parezcan poco, pero la información que se transmitirá será errada, y tal vez genere descendientes que no podrán sobrevivir, perdiéndose por completo dicha información.
De este ejemplo podemos concluir con dos cosas: cuanto más larga es la secuencia o cuando mayor sea la tasa de mutación, más nucleótidos mutados se irán acumulando. Entonces, el tamaño de una secuencia será inversamente proporcional a su tasa de mutación (μ). Si está entendido esto, pasamos al siguiente punto.

En las células modernas, la que todos los organismos tenemos actualmente, existe una maquinaria que repara los nucleótidos mal ubicados (mutados), reduciendo considerablemente esta tasa de mutación a valores que varían entre 10-6 (0,000001) y 10-10 (0,0000000001), lo que permitiría —basándonos en la premisa anterior— a tener secuencias más largas. Sin embargo, los virus existen cerca del límite, ya que tienen secuencias relativamente largas con respecto a su tasa de mutación, la cual es bastante alta.

Pero, en el momento en que se empezó a originar la vida, a través de las primeras secuencias informativas, no habían maquinarias encargadas de replicar y corregir los errores. Además, estudios previos determinaron que la tasa de mutación en una replicación no enzimática —como la que hacen las ribozimas— es cercana al 20%, la cual es bastante alta,  y aplicando la relación entre tamaño de secuencias y tasa de mutación, el genoma solo consistiría de cinco nucleótidos. Sin embargo, para formar una ribozima se necesita de al menos una secuencia de 30 nucleótidos de largo. Esta discrepancia genera la paradoja de la aparición de secuencias funcionales: una secuencia funcional será tan larga que acumulará tantas mutaciones, que al final de unos cuantos ciclos de replicación, las secuencias resultantes serán tan diferentes a la original que la secuencia funcional se habrá perdido por completo.

Hubo algunas aproximaciones que intentaron dar salvedad a esto. Por ejemplo, un análisis encontró que una ribozima podía mutar el 25% de sus nucleótidos y aún así no perder su capacidad autoreplicativa. Entonces, el tamaño físico de su genoma excede en un 25% la longitud de su secuencia informativa. De aquí surge un término conocido como umbral de error, que permitiría la emergencia de secuencias tan largas como sean posibles para seguir siendo funcionales. Pero, también vimos que a mayor longitud, más mutaciones se acumularán… Otra paradoja!

Todo esto vamos a explicarlo, de manera más sencilla, con las ecuaciones del modelo de Eigen (1971):
image X, es la longitud de la secuencia molde; r, es la aptitud genética (fitness) que debe ser >1; y q, es la probabilidad de replicar X sin ningún error, siendo q=(1-μ)L. De esta manera, si la tasa de mutación es más grande, la probabilidad de replicar sin errores (q) será menor, y si la longitud del genoma es mas grande (L), que también será más chiquito.

a. En la primera ecuación vemos como sería en condiciones óptimas. La secuencia X, con un q de 1 (100% de probabilidad de replicar sin errores) y con un buen fitness, generará más secuencias X idénticas, así que la información se perpetuará.

b. Pero, si la tasa de mutación es mayor veremos que se obtendrán secuencias idénticas (X) y secuencias mutantes (Y), si mayor es la tasa de mutación o más larga la secuencia, Y será mayor (Ecuación 2). Además, Y también se replicará (sin importar su tamaño o tasa de mutación, de todas maneras saldrá mutada, por eso ponemos un valor de 1). Esto provocará que el número de mutantes aumente más rápido que el número de secuencias originales. Las secuencias mutantes consumirán todos los recursos y en una población finita, la secuencia original (X) eventualmente desaparecerá.
La única salvedad es reducir la velocidad en que se producen las secuencias mutantes, de esta manera evitamos que éstas se acumulen y consuman todos los recursos, permitiendo que las secuencias informativas emerjan y persistan a través del tiempo hasta llegar a evolucionar. No estamos tocando ni la tasa de mutación ni el tamaño del genoma, vamos a enfocarnos en la velocidad en que las secuencias mutantes se generan.

Entonces un grupo de investigadores liderados por el Dr. Sudha Rajamani de la Universidad de Harvard demostraron que la replicación de secuencias correctas se da más rápido que la generación de secuencias mutantes usando sistemas de replicación no enzimáticos, bajo las condiciones que se presumen que hubo al originarse la vida. Sin dudas, un hallazgo importante para entender un poco más sobre el posible origen de la vida.

Para hacerlo comprensible para todos —sin entrar a complicadas metodologías— lo que hicieron estos investigadores fue diseñar cuatro secuencias iniciadoras de la replicación (primers), cuatro moldes de ADN para hacer pruebas de incorporación de nucleótidos incorrectos “misincorporation” (para ver como afecta la velocidad de replicación de una secuencia que ha incorporado un nucleótido por otro), y cuatro moldes de ADN para las pruebas de extensión después de un mal emparejamiento “mismatch” (para ver la velocidad de replicación de una secuencia que se ha unido a un primer con un nucleótido incorrecto), recordemos que A se empareja con T, y G con C:
Ej:
Primer: 5’ GG GAT TAA TAC GAC TCA CTG-
misincorporation: 5’ AGT GAT CTA CAG TGA GTC GTA TTA ATC CC
mismatch: 5’  AGT GAT CTA TAG TGA GTC GTA TTA ATC CC

Emparejando el primer con cada secuencia molde:

5’ AGT GAT CTA CAG TGA GTC GTA TTA ATC CC
                              GTC ACT CAG CAT AAT TAG GG 5’  
5’  AGT GAT CTA TAG TGA GTC GTA TTA ATC CC
                               GTC ACT CAG CAT AAT TAG GG 5’ 

En el primer emparejamiento el nucleótido que sigue es una T; pero, con una tasa de mutación alta, es probable que un nucleótido diferente se meta, que pasaría con la replicación en ese caso?
En el segundo emparejamiento vemos que hay mal emparejamiento del primer y la cadena molde, una T se emparejó con una G, cuando debería haber sido una A como en el emparejamiento anterior, que pasará con la replicación en este caso?
Rajamani encontró que en ambos casos hay un estancamiento en la replicación. En el primer caso, las secuencias correctas se replicaban hasta diez veces más rápido que cuando se incorporaba un nucleótido que no era el adecuado (misincorporing), y este estancamiento dependía del tipo de nucleótido, cuando era G o C era más rápido que cuando era T o A, esto porque G y C tienen tres enlaces (puentes de hidrógeno) mientras que A y T tienen dos. 

En el segundo caso fue más evidente, cuando había un mismatch, la velocidad de replicación se reducía hasta en 300 veces. Estos dos ordenes de magnitud de ventaja permitieron que las secuencias correctas (con información relevante) sean las más abundantes.

De esta manera, a pesar que la tasa de mutación era alta y las secuencias informativas eran largas, este estancamiento es de suma importancia para evitar la catastrófica paradoja. Así que, este tipo de replicación no enzimática potencialmente pudo incrementar el número de secuencias lo suficientemente largas como para ser informativas, a pesar de la alta tasa de mutación. Además, permitió que los genomas primitivos codifiquen más secuencias o secuencias más largas con una alta actividad; y este estancamiento, pudo ser la base para la evolución de las maquinarias de corrección de errores y hasta de la replicación de secuencias.

Referencia:

ResearchBlogging.orgRajamani, S., Ichida, J., Antal, T., Treco, D., Leu, K., Nowak, M., Szostak, J., & Chen, I. (2010). Effect of Stalling after Mismatches on the Error Catastrophe in Nonenzymatic Nucleic Acid Replication Journal of the American Chemical Society, 132 (16), 5880-5885 DOI: 10.1021/ja100780p

01 abril, 2012