21 febrero, 2014

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Papa transgénica resistente a la rancha

Imagina que el pie de atleta matara. Que cada año miles de personas en el mundo fallecieran a causa de esta enfermedad. Que constantemente debas aplicarte tu Hongocid® entre los dedos del pie para evitar la muerte. Bueno, algo así es lo que ocurre con la papa. Un hongo llamado Phytophthora infestans es capaz de acabar con los sembríos de este importante cultivo en un par de semanas.

Phytophthora infestans. Fuente: Wikimedia Commons
Phytophthora infestans. Fuente: Wikimedia Commons

Me dicen el hongo asesino, me dicen el hongo bien latino (8)

P. infestans es un hongo que produce una enfermedad conocida como el tizón tardío (de cariño, la “rancha”). Este hongo fue responsable de una de las peores hambrunas de la historia europea que, entre los años 1845 y 1849, acabó con todas las cosechas de papa de Irlanda y de algunas otras regiones de Europa. Un millón de personas perdieron la vida y otro millón migró hacia Norteamérica. Si viste la película “Pandillas de Nueva York”, ahora entenderás de dónde salían tantos irlandeses.

Este hongo se originó en los andes peruanos y llegó al viejo continente durante la colonia. Para que se desarrolle adecuadamente requiere de climas templados (12ºC - 15ºC) y húmedos (90% de humedad relativa), al menos por dos días consecutivos. Si se dan estas condiciones, es necesario aplicar inmediatamente el fungicida porque una vez que el hongo se desarrolla en la planta, es imposible eliminarlo.

Carrera armamentista

No todas las papas son susceptibles al ataque de P. infestans. Existen variedades y especies silvestres que de manera natural son resistentes al ataque de este hongo. ¿Cómo lo hacen? Pues, para entenderlo, hablaremos un poco sobre la coevolución de un patógeno con su hospedero.

Por lo general, los agentes patógenos, sea cual sea su naturaleza (una bacteria, un virus, un hongo, etc.), atacan de manera específica a un determinado organismo, al cual llamaremos hospedero. El hospedero, por su parte, ha evolucionado la capacidad de reconocer a estos patógenos a través de las moléculas presentes en su superficie, para así activar oportunamente un mecanismo de defensa.

Hasta ahí todo bien. Pero los patógenos no se quedan con los brazos flagelos o hifas cruzadas. Ciertas mutaciones en su ADN pueden provocar ligeros cambios en la estructura de las moléculas presentes en su superficie, evitando así ser reconocidos por los hospederos. No obstante, el hospedero desarrollará nuevos receptores —o modificará los existentes— para que sean capaces de reconocer a los patógenos nuevamente. Y así el ciclo se repite una y otra vez, por los siglos de los siglos.

Otra estrategia empleada por los patógenos para lograr su cometido es producir moléculas que se infiltran en el hospedero y bloquean, desde adentro, su mecanismo de defensa. A estas moléculas se les conoce como efectores. Para entenderlo mejor, es como esparcir un potente somnífero a través del conducto de ventilación de una base militar para que todos los vigilantes se duerman y así el enemigo pueda ingresar al cuartel sin problemas. Pero el hospedero también cuenta con un as bajo la manga: uno o más genes de resistencia que sólo se activan ante la presencia de los efectores.

Modo de acción de los efectores y genes de resistencia.
Modo de acción de los efectores y genes de resistencia.

En resumidas cuentas, esto es una carrera armamentista: el patógeno desarrolla nuevos mecanismos de infección y el hospedero nuevas formas de defenderse.

Préstame tus genes

En el 2009 se determinó la secuencia del genoma de P. infestans y, en el 2011, del genoma de la papa. Lo interesante de estos estudios fue que se identificaron al menos 563 efectores y 438 genes de resistencia, respectivamente. El problema es que en la mayoría de las zonas productoras de papas se cultivan unas pocas variedades mejoradas, todas genéticamente idénticas, que reducen el repertorio de genes de resistencia que podrían estar presentes. Esto favorece a P. infestans que rápidamente encuentra la forma de evadir su mecanismo de defensa, acabando así con toda la cosecha.

La mayor parte de los genes de resistencia se encuentran en las especies silvestres. Los fitomejoradores han tratado de pasar estos genes a las variedades comerciales pero con poco éxito debido a que estas no se pueden cruzar fácilmente: las papas cultivadas tienen cuatro copias de su ADN (tetraploides), mientras que las silvestres solo dos (diploides). Además, en los cruces no sólo se traspasan los genes “buenos” de las especies silvestres, sino también los “malos”, provocando que las variedades mejoradas pierdan sus combinaciones favorables de genes. Una forma de traspasar los genes “buenos” de una especie a otra es mediante la ingeniería genética.

Es así que un grupo de investigadores ingleses, liderados por el Dr. Jonathan Jones del Sainsbury Laboratory, han desarrollado una papa transgénica de la variedad Desiree capaz de resistir el ataque de P. infestans utilizando los genes de resistencia de sus parientes silvestres. Los resultados aparecen publicados esta semana en Philosophical Transactions of the Royal Society B.

Los primeros ensayos

En primer lugar, Jones y su equipo aislaron los genes de resistencia Rpi-vnt1.1 de Solanum venturii —papa silvestre originaria de Argentina— y Rpi-mcq1 de Solanum mochiquense —originaria de Perú— y los introdujeron, por separado, en la variedad Desiree. Las papas transgénicas resultantes no mostraron diferencias visuales con respecto a sus contrapartes no transgénicas, ni tampoco diferencia en los rendimientos cuando fueron cultivadas en zonas libres del patógeno.

Luego, una vez obtenido el permiso para realizar los experimentos controlados en campo, se propusieron a sembrar 192 plantas transgénicas cada año (2010 - 2012) agrupadas en bloques, para evaluar su respuesta ante el ataque de P. infestans.

Durante el primer año (2010), las condiciones climáticas no fueron las adecuadas para el desarrollo del patógeno. Las temperaturas de junio y julio estuvieron muy bajas y la humedad relativa nunca alcanzó el 90%. A mediados de agosto, las condiciones para el desarrollo del hongo mejoraron y empezaron a aparecer los primeros síntomas de la rancha. Tres semanas después, las papas transgénicas Rpi-vnt1.1 redujeron la severidad de la enfermedad entre un 50% y 80%. La otra papa transgénica (Rpi-mcq1) no funcionó y se infectó completamente al igual que la papa no transgénica (control). Sin embargo, como la enfermedad llegó bastante tarde, los tubérculos ya se habían desarrollado por lo que no hubo diferencia en el rendimiento entre las lineas transgénicas y el control.

Para el segundo año de experimentación se dejó de lado la línea transgénica que no funcionó. Las condiciones climáticas fueron menos favorables aún —para el patógeno— que en el año anterior. La rancha no apareció hasta la primera semana de septiembre, cuando las plantas ya estaban en la etapa de senescencia (envejecimiento). En este caso, tanto la línea transgénica como el control se vieron infectadas por el hongo en un 95% a 100%. Esto indicaría que las plantas se vuelven más susceptibles a la rancha en la senescencia, sea o no transgénica. Pero eso no importa, porque los tubérculos ya se habían formado y los rendimientos fueron los mismos.

Fue una lástima que los dos primeros años de estudio no dieran resultados promisorios. Hasta este punto no se sabía realmente si la línea transgénica era resistente a la rancha y podía evitar la pérdida del cultivo. Pero así es la ciencia, no todo es ¡Eureka!

A la tercera, la vencida

Por suerte, en el último año de estudio se dieron todas las condiciones climatológicas favorables para el desarrollo del patógeno. De hecho fue el quinto verano más húmedo de los últimos 100 años. A mediados de julio aparecieron los primeros síntomas de la rancha y, un mes después, la enfermedad atacó al 100% de las papas no transgénicas y su rendimiento cayó en un 50% a 75%, cosa que no ocurrió con la línea transgénica.

Izquierda: papa transgénica. Derecha: control atacado por P. infestans
Izquierda: papa transgénica. Derecha: control atacado por P. infestans

Si bien es cierto que los datos no prueban que la introducción del gen Rpi-vnt1.1 es suficiente para proteger a la papa de la rancha en condiciones no controladas de un campo de cultivo, el trabajo es un gran avance hacia el desarrollo de una línea transgénica de papa que sea genéticamente estable y que no se haya visto alterada su funcionalidad, algo que sí ocurrió con la primera papa transgénica resistente a insectos, NewLeaf®, desarrollada en los años 1990 por Monsanto. En aquel caso, la transformación genética volvió susceptible a la planta contra una plaga de nemátodos.

No debemos olvidar que P. infestans cuenta con una gran cantidad de efectores que le permiten sortear las defensas de las variedades mejoradas de papa. Sin embargo, existen efectores que se mantienen constantes (conservados) en variedades del patógeno porque realizan funciones vitales para el organismo. Encontrar genes de resistencia para estos efectores indispensables prolongaría la protección del cultivo porque el patógeno tardaría más tiempo en encontrar un reemplazo funcional para este efector.

Y para concluir, debemos recalcar que el Perú cuenta con decenas de especies silvestres de papas y cientos de variedades nativas que están a la espera de que algún día aprovechemos su riqueza genética. Lo primero es hacer estudios de bioprospección para identificar y caracterizar genes de resistencia para ser utilizados en el mejoramiento de nuestras variedades comerciales a través de la ingeniería genética.


Referencia:

ResearchBlogging.orgJonathan D. G. Jones, Kamil Witek, Walter Verweij, Florian Jupe, David Cooke, Stephen Dorling, Laurence Tomlinson, Matthew Smoker, Sara Perkins, & Simon Foster (2014). Elevating crop disease resistance with cloned genes Philosophical Transactions of the Royal Society B DOI: 10.1098/rstb.2013.0087

 


BioUnalm

 

15 febrero, 2014

¿Dónde nace el río Amazonas?

— Pues, en la Cordillera de los Andes—, responden todos al unísono.

— ¿Algo más preciso?—, pregunta nuevamente el profesor a sus alumnos de geografía. Todos se voltean y miran al más inteligente de la clase.

— ¡En el Nevado Mismi querido profesor!, en el departamento de Arequipa.

— ¡Qué bruto, póngale cero!—, grita su compañero del costado.

— Pero, ¿por qué?, si la respuesta es correcta—, le impera el profesor.

— No profesor. Según un reciente estudio publicado en Area, el origen del río Amazonas se ubica en la Cordillera de Rumi Cruz, en el Departamento de Cerro de Pasco.

Río Amazonas. Fuente: Revista Mundo Verde
Río Amazonas. Fuente: Revista Mundo Verde

El origen del río Amazonas siempre ha sido materia de debate. Por lo menos cinco afluentes han sido considerados como el origen del río más caudaloso y, posiblemente, más largo del mundo: los ríos Marañón, Huallaga, Mantaro, Apurímac y Urubamba - Vilcanota.

En 1971, tres exploradores de National Geographic, liderados por el periodista Loren McIntyre, siguieron el cause del río Apurímac e identificaron el pico del nevado Mismi como el punto de origen del río Amazonas. Lamentablemente, no se contaba con los sofisticados equipos de medición y posicionamiento global con los que contamos actualmente que permitieran verificar la posición exacta.

Veintinueve años después, una nueva expedición de National Geographic conformada por 22 exploradores de diferentes nacionalidades, entre ellos el reconocido geógrafo Andrew Johnston del Museo Nacional del Aire y del Espacio, y liderados por el profesor de matemáticas Andrew Pletowski, instalaron su base cerca de un lugar donde confluían varios afluentes del río Apurímac. Con ayuda de varios GPS y equipos de medición lograron mapear el terreno y establecer los límites donde las aguas vierten hacia el Amazonas o hacia el Pacífico. Fruto de este trabajo determinaron que la cabecera del río Apurímac y, por lo tanto, origen del río Amazonas era la laguna de Ticlla Cocha, en la base del nevado Mismi.

Nevado Mismi. Fuente: Human and Natural
Nevado Mismi. Fuente: Human and Natural

Pero, ¿cómo se determina el lugar donde nace un río? Según los entendidos en el tema es el punto más alejado del afluente más largo que desemboca en una determinada cuenca, algo así como el lugar donde cae la primera gota de lluvia o se derrite el bloque de hielo que forma una corriente de agua que finalmente desemboca en una cuenca.

Es así que James Contos, miembro de una ONG dedicada a conservar los ríos de Latinoamérica, y Nicholas Tripcevich, investigador de la Universidad de California Berkeley, utilizando mapas topográficos, imágenes satelitales, datos hidrográficos digitales y datos de localización por GPS, han demostrado que es la cordillera de Rumi Cruz (10.7320°S, 76.6480°W y a una elevación de 5220 metros) el lugar donde nace el río Mantaro, uno de los principales afluentes del Amazonas. Este descubrimiento sumaría entre 72 y 95 Km a la longitud aún no determinadade este majestuoso río.

Río Mantaro. Foto: Otto Tiger
Río Mantaro. Foto: Otto Tiger

Según Contos, la razón por la cual se pasó por alto al río Mantaro es que presenta una torsión u horquilla que lo hace parecer más corto de lo que realmente es. Mediciones más precisas han demostrado que el río Mantaro es un 10% más largo que el río Apurímac.

Punto de origen del Amazonas más aceptado. Fuente: National Geographic.
Punto de origen del Amazonas más aceptado.
Fuente: National Geographic.

Sin embargo hay un pequeño problema. En los Andes peruanos hay estaciones del año donde no hay lluvias (especialmente en invierno) que afectan el cause de los ríos. Algunos de ellos no tienen flujos continuos durante todo el año. Debido a esto, a lo largo del río Mantaro se han construido varias represas para poder almacenar el exceso de agua que hay durante las temporadas de lluvia, y algunas de ellas son utilizadas para poner en funcionamiento centrales hidroeléctricas. Una de estas represas desvía el curso del río dejando una porción desprovista de agua durante los meses de sequía. Para Juan Valdés, geógrafo de National Geographic, es importante que el agua fluya constantemente durante todo el año para que el afluente sea considerado como el verdadero origen de un río, por lo que el río Mantaro no cumpliría con este requisito.

Contos y Tripcevich responden que los cambios temporales que sufre el cause de un río a razón de alteraciones hechas por el hombre no deberían ser un obstáculo para determinar el origen de un río. Por su parte Johnston dice “suponiendo que las mediciones resistan un examen riguroso, creo que el Mantaro sí podría ser considerado como un nuevo origen del Amazonas, pero no el origen”, ya que cuando el Mantaro está seco “es el Apurímac, una vez más, por donde el agua fluye la mayor distancia hasta el Amazonas”.

Para concluir, es muy probable que el Amazonas sea el río más largo del mundo, pero ello requiere conocer su longitud exacta y esta podrá ser determinada siempre y cuando conozcamos dónde se origina.


Referencias:

ResearchBlogging.orgJames Contos, & Nicholas Tripcevich (2014). Correct placement of the most distant source of the Amazon River in the Mantaro River drainage Area, 46 (1), 27-39 DOI: 10.1111/area.12069

Jane J. Lee. Where Does the Amazon River Begin? National Geographic (2014).

Imágenes | Revista Mundo Verde, Human & Natural, Otto Tiger.

24 enero, 2014

¿Cuál de los cromosomas X se inactiva en las hembras?

Si preguntamos en la calle ¿cuál es la principal diferencia entre un varón y una mujer?, seguramente las respuestas más frecuentes serán los senos, los órganos reproductores, la barba, la obsesión por los zapatos o por los videojuegos, entre otros. Pero muy pocos —tal vez algunos biólogos que cayeron en la encuesta— dirán “¡los cromosomas sexuales!”. Y tendrían razón. 


La diferencia más sustancial, a partir de la cual se originan todas las demás, son los cromosomas sexuales. En los mamíferos, las hembras tienen dos cromosomas X (XX) y los machos un cromosoma X y un cromosoma Y (XY). A pesar de ser chiquito, el cromosoma Y porta un gen esencial para lograr la diferenciación masculina. De no ser por él, prácticamente todos seríamos hembras, así tuviéramos solo un cromosoma X (X0) como en el Síndrome de Turner.

Entonces, serán los machos quienes finalmente determinen el sexo de los hijos porque sus espermatozoides portarán o bien el cromosoma X o bien el cromosoma Y; mientras que los óvulos sólo portarán el cromosoma X. Esto trae como resultado que las hembras posean un cromosoma X proveniente del padre (Xp) y un cromosoma X proveniente de la madre (Xm).

Creo que todos aprendimos esto en nuestra clase de biología del colegio. Sin embargo, lo que no todos saben es que en las hembras, uno de sus cromosomas X se inactiva. 

Seguro se estarán preguntando ¿por qué lo hace? 

El cromosoma X tiene alrededor de 1000 genes. La gran mayoría son esenciales para el desarrollo y viabilidad de las células, pero no para la diferenciación sexual y la reproducción. Los machos, a pesar de tener un solo cromosoma X, no presentan problemas en su desarrollo. Por lo tanto, si las hembras tuvieran los dos cromosomas X activos, las células recibirían una doble dosis de cada uno de los productos de estos 1000 genes, provocando un desequilibrio metabólico que podría alterar su normal desarrollo.

En 1961, Mary Lyon descubrió que uno de los cromosomas X de los mamíferos se inactiva convirtiéndose en una masa oscura llamada corpúsculo de Barr. Y ¿cuál de los dos se inactiva? Hice esta pregunta a unos amigos biólogos por aquí y la mayoría me respondió el X paterno. Creo que es la primera respuesta que se nos viene a la cabeza. Pero no es así. En en algunas células el Xp es el inactivo mientras que en otras el Xm lo es, y al parecer esta selección es al azar.

Recientemente, un grupo de investigadores del Howard Hughes Medical Institute y de la Jhons Hopkins University (Estados Unidos) han desarrollado una forma de ver la inactivación del cromosoma X directamente en el cuerpo, célula por célula. El estudio fue publicado el 8 de enero en Neuron.

La técnica consiste en iluminar a las células de dos diferentes colores dependiendo del cromosoma X que inactiven. Para ello, insertaron el gen de la proteína fluorescente verde (GFP) en los cromosomas X de un ratón (digamos, el padre) y el gen de una proteína fluorescente roja (tdTomato) en los cromosomas X de otro ratón (la madre). Luego cruzaron estos dos ratones y seleccionaron a las crías hembras, las cuales deberían tener los cromosomas X del padre y de la madre con sus respectivas proteínas fluorescentes. Si el Xp se inactiva, no se expresa la GFP —pero sí la tdTomato— y las células brillarían de color rojo. Si el Xm se inactiva, pasaría lo contrario y las células brillarían de color verde.

Cuando se analizaron los diferentes tejidos del ratón hembra bajo el microscopio de fluorescencia observaron este maravilloso mosaico: 

Cabeza de un embrión de ratón.

Corazón (músculo cardiaco).

Corte transversal de la lengua.

Variación en el mosaicismo entre la retina izquierda y derecha de un ratón adulto.

Mosaicismo en un cerebro adulto que muestra la asimetría en la inactivación del cromosoma X entre el hemisferio izquierdo y derecho.

Vellosidades intestinales.

Espectacular, ¿cierto? Se ve claramente que tanto el cromosoma X paterno como el materno pueden ser inactivados, y como mencionamos anteriormente, este proceso puede ser al azar. Sin embargo, las imágenes también nos muestran que existen tejidos en los cuales predomina un sólo tipo de células (rojas o verdes). Aún se desconoce por qué ocurre esto y qué efecto podría tener sobre el organismo, especialmente, a nivel del sistema nervioso central, ya que los alelos (variantes del mismo gen) que posee el cromosoma X paterno pueden ser distintos al materno.



Referencia:

Hao Wu, Junjie Luo, Huimin Yu, Amir Rattner, Alisa Mo, Yanshu Wang, Philip M. Smallwood, Bracha Erlanger, Sarah J. Wheelan, Jeremy Nathans. Cellular Resolution Maps of X Chromosome Inactivation: Implications for Neural Development, Function, and Disease. Neuron. 81(1): 103-119. doi:10.1016/j.neuron.2013.10.051

Además, te recomiendo que leas este gran artículo de Carl Zimmer en The New York Times referente a este tema.

20 enero, 2014

Un genoma picante

Ayer se publicó un artículo en Nature Genetics que podría resultar interesante para los que amamos las comidas picantes. 

Un grupo internacional de investigadores, principalmente surcoreanos, acaban de hacer público la secuencia del genoma del chile picante (Capsicum annuum). Esta especie se originó y domesticó en Mesoamérica y actualmente se cultiva en casi todo el mundo. Es pariente cercano del C. baccatum (ají amarillo y mirasol) y el C. pubescens (rocoto), los cuales son originarios del Perú, y forman parte de la familia de las Solanáceas, junto a la papa y el tomate. 

Los chiles o ajíes se caracterizan por la gran variedad de colores que presentan, los cuales van desde el amarillo pálido, pasando por el anaranjado y terminando en el rojo intenso y morado. Esto se debe principalmente a la acción de dos carotenoides: la capsantina y la capsorrubina, que son aprovechados como pigmentos naturales dentro de la industria alimentaria y cosmética. Por otro lado, cuentan con un grupo de alcaloides con propiedades antifúngicas, antibacterianas y anticancerígenas llamadas capsaicinoides, que se producen en la parte vascular del fruto (la placenta o comúnmente conocida como "las venas" del ají) y que también son responsables de la sensación picante que dejan en la boca. Se han aislado al menos 22 de estos compuestos, siendo la capsaicina la más importante de todas.

Capsicum annuum. Fuente: WikipediaCapsicum annuum. Fuente: Wikipedia.

Los investigadores secuenciaron el genoma de dos variedades cultivadas de C. annuum (chile criollo de Morelo CM334) y de un pariente silvestre llamado C. chinensis. ¿Por qué escogieron la variedad CM334? Pues porque presenta un gran resistencia a distintos patógenos y enfermedades, especialmente la causada por Phytophthora capsici, y actualmente es usado en diferentes programas de mejoramiento del cultivo.

C. annuum es diploide. Esto quiere decir que presenta dos copias de cada uno de sus 12 cromosomas (n=12). El tamaño de su genoma 3,400 millones de pares de base (3,4 Gpb) es similar al nuestro (3,2 Gpb), pero mucho más grande que de la papa (0,84 Gpb) y del tomate (0,9 Gpb). Por otro lado, el 75% del genoma de C. annuum corresponde a secuencias repetidas (retrotransposones) que fueron incorporadas después su divergencia con el tomate hace unos 19 millones de años.

Se estima que C. annuum posee al menos 34.900 genes, un número similar al que poseen el tomate y la papa. Comparte muchos genes de maduración con el tomate, pero existe una gran diferencia entre sus frutos: los tomates son climatéricos, esto quiere decir que su maduración está regulada por una molécula muy simple llamada etileno, mientras que los chiles no son climatéricos.

La ventaja de los frutos climatéricos es que pueden ser cosechados aún verdes ya que seguirán madurando fuera de la planta, incluso podemos acelerar y hacer más homogéneo este proceso aplicando el gas etileno directamente. Esto facilita su transporte y almacenamiento. Un análisis comparativo entre los genes que se expresan durante la maduración de estos dos cultivos reveló que los chiles expresan en bajos niveles los genes responsables de la producción de etileno, especialmente el gen CNR. Asimismo, el gen de la poligalacturonasa (responsable del ablandamiento del tomate) se encuentra subexpresado e incompleto. Todo esto suma a que sus frutos sean tan diferentes. Por otro lado, los niveles de expresión de los genes responsables de la producción de Vitamina C son mayores en el chile que en el tomate.

La publicación del genoma del C. annuum sevirá como una plataforma para mejorar las características nutricionales y aprovechar del valor farmacológico de este importante cultivo que solo en el año 2011 movió más de 14.400 millones de dólares. Asimismo, contaremos con un genoma de referencia para el estudio y mejoramiento de nuestras especies nativas de ajíes aprovechando de la gran diversidad genética que tenemos.



Referencia: ResearchBlogging.orgSeungill Kim, et al (2014). Genome sequence of the hot pepper provides insights into the evolution of pungency in Capsicum species Nature Genetics DOI: 10.1038/ng.2877

15 enero, 2014

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Un BLAST para enzimas

Las enzimas son las moléculas responsables de catalizar las reacciones químicas que se llevan a cabo en todos los seres vivos. Están formadas por largas cadenas de aminoácidos, en secuencias específicas determinadas por los genes, que adquieren estructuras tridimensionales complejas. Gracias a ellas podemos digerir los alimentos, desintoxicar las células, degradar los medicamentos y sintetizar nuevas proteínas, ADN, neurotransmisores y hormonas. En fin, debemos nuestro funcionamiento a ellas.

Para la primera mitad del siglo XX ya se habían identificado y caracterizado cientos de enzimas en distintos laboratorios del mundo, por lo que era necesario desarrollar algún mecanismo para agruparlas de acuerdo a sus propiedades químicas. Fue así que en la década de 1960, la Comisión Conjunta sobre Nomenclatura Bioquímica (JCBN) adoptó un sistema universal de clasificación enzimática que consistía de cuatro números: El primero corresponde a su función catalítica o mecanismo de acción (clase), el segundo al tipo de enlace que modifica (subclase), el tercero a la naturaleza del sustrato (sub-subclase) y el cuarto número indica específicamente el sustrato o es el número correlativo establecido por la JCBN. Por ejemplo, la tripsina (EC 3.4.21.4), es una hidrolasa (clase 3) que rompe con agua un enlace peptídico (subclase 4) usando para ello un residuo de serina en su centro activo (sub-subclase 21) y es la cuarta agregada a la lista de enzimas degradadoras de proteínas (4).

Ahora, gracias al desarrollo de analizadores químicos sofisticados y equipos de secuenciamiento de última generación, descubrimos nuevas enzimas con potenciales usos farmacéuticos, bioquímicos e industriales. Y no sólo eso, también la computación y la informática están poniendo de su parte a través del desarrollo de algoritmos y programas que permiten predecir, modelar y modificar las estructuras de las enzimas para obtener nuevas funciones. Por ello se requiere de un mecanismo rápido para comparar la función de las enzimas que se descubren y caracterizan día a día.

Es así que un grupo de investigadores del Laboratorio Europeo de Biología Molecular (EMBL) han desarrollado una herramienta bioinformática llamada EC-BLAST que permite mapear y comparar cualquier reacción enzimática en función al cambio de los enlaces químicos de los sustratos, el centro activo (lugar de la enzima donde se lleva a cabo la reacción) y la estructura de las moléculas participantes de la reacción enzimática. Gracias a unos algoritmos informáticos, cada uno de estos parámetros genera una "huella dactilar" que es comparada con las que están almacenadas en la base de datos del EMBL, para poder determinar la función de la enzima o su clasificación dentro del sistema universal.

EC-BLAST
Modo de funcionamiento del EC-BLAST

 

Para ver si el EC-BLAST funcionaba adecuadamente, los investigadores lo probaron utilizando las 6000 reacciones enzimáticas juntó a sus respectivos sustratos registrados en la base de datos de la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kioto (KEGG). Los resultados fueron muy buenos. Las enzimas se agruparon de acuerdo a las clases y subclases a las que corresponden según su nomenclatura. Además permitió identificar algunos errores en la clasificación de ciertas enzimas, incluso se observó que algunas de ellas podían cumplir más de una función específica y podían pertenecer a diferentes clases (promiscuidad enzimática).

Resumiendo, el EC-BLAST ha demostrado ser una potente herramienta para comparar la similaridad química de las reacciones enzimáticas. Además es útil a la hora de asignar una clasificación a las enzimas recién descubiertas y podría ayudar a identificar nuevas funciones en las enzimas ya conocidas, que podría ser aprovechada por la industria biotecnológica.


Referencia:

ResearchBlogging.orgAsad, S, Martinez, S, Furnham, N, Holliday, GL, & Thornton, JM (2014). EC-BLAST: a tool to automatically search and compare enzyme reactions Nature Methods DOI: 10.1038/nmeth.2803

10 enero, 2014

Nueva estrategia para controlar áfidos mediante ingeniería genética

El aumento de cultivos de plantas transgénicas resistentes a insectos ha reducido el uso de agroquímicos destinado al control de plagas. Sin embargo, este efecto, que sin dudas es favorable para el ambientes y salud de los agricultores y consumidores, ha generado un hecho inesperado: el aumento de plagas secundarias como los áfidos, los cuales no son afectados por las toxinas Bt expresadas por las plantas transgénicas. Si bien los áfidos no se comen las hojas o los frutos como lo hacen las orugas o las langostas, son responsables de transmitir más del 50% de todos los virus que causan enfermedades en las plantas, convirtiéndose en un serio problema para la agricultura. Recientemente, una novedosa estrategia para controlar los áfidos ha sido desarrollada por investigadores de la Iowa State University. Si quieres saber más lee mi artículo publicado hoy en Naukas.

Afidicid
Afidicid(R). El único veneno para áfidos inyectable en el mundo.

Vía | Naukas.

24 diciembre, 2013

Es una araña, pero ¿cuál?

Hace algunos meses comentamos sobre una extraña estructura de dos centímetros de diámetro que aparecía en los troncos de algunos árboles en la Reserva Nacional de Tambopata. Troy Alexander, estudiante graduado del Instituto de Tecnología de California y descubridor de la extraña estructura, solicitó ayuda a biólogos, aracnólogos y entomólogos de todo el mundo para identificar al organismo responsable de su construcción, pero nadie daba con una respuesta definitiva. Sin dudas, era algo nuevo para la ciencia.

Imagen: Perunature.com

La semana pasada, Nadia Drake, reportera científica de WiredScience, viajó a la selva peruana y acompañó a un equipo de investigadores liderados por el entomólogo Phil Torres para encontrar al arquitecto de esta estructura de seda antes que Giorgio A. Tsoukalos salga diciendo que fueron los extraterrestres en The History Channel.

Esta expedición dio como resultado fotos y videos de pequeñas arañas emergiendo huevos ocultos en la base de las misteriosas torres.

Lo que parecía muy raro era que las arañas dejaran sus huevos a su suerte y que sólo haya un huevo dentro de cada estructura. Por lo general, las arañas ponen cientos de huevecillos dentro de un saco y siempre cuidan de ellos ya sea en un nido o llevándolos consigo a donde vayan. 

Por otro lado, según reporta Nadia, estas estructuras ya habían sido observadas hace una década en la Guyana Francesa por el biólogo francés Julien Grangier. Asimismo, en enero de este año, el fotógrafo Brian Lee lo observó en la selva ecuatoriana. También se dice que ha sido observado en Brasil, Estados Unidos y Bélgica aunque aún no hay evidencias fotográficas de ellas. Esto indicaría que la distribución de esta especie de araña es más amplia de lo que se pensaba, principalmente en el neotrópico.

No obstante, aún no se ha podido identificar qué especie es. "No hay forma que una foto me de la información que necesito para una acertada identificación", comenta Norm Platnick, curador emérito de arácnidos del Museo Americano de Historia Natural. Lo cierto es que identificar arañas es una tarea muy complicada, depende de muchos factores: la disposición de los ojos (que nos puede dar un indicio de qué familia es), la forma de colmillos y, principamente, estructura del órgano reproductor. Para ello se requiere estudiar un especímen adulto y por ahora sólo se tienen fotos y videos de recién nacidos.

En función a la disposición de los ojos, los expertos dicen que podría tratarse de un miebro de las familias Uloboridae, Thomisidae o Salticidae. Para otros se trataría de una especie de Orbiculariae. Otros se atreven a decir que la estructura de las torres de seda parecen capullos de arañas de la familia Mimetidae o Theridiidae. En otras palabras, nadie tiene idea de que tipo de araña es, posiblemente sea una especie nueva para la ciencia, aunque otros piensan que es una araña conocida haciendo algo que no ha sido reportado antes.

Los investigadores encontraron algunos ácaros atrapados en los "cercos" o junto a las torres. La hipótesis que plantean es que esta estructura sirve como trampa de ácaros que después sirven de alimento para las arañas recién nacidas. También obsevaron que algunas hormigas evitaban pasar junto a estas estructuras, lo que indicaría que su función es proteger el huevo que se encuentra dentro ya que a la madre prefiere salir de fiesta con sus amigas que cuidar de su huevecillo.

De seguro el próximo año ya sabremos de qué especie se trata.

Vía WiredScience.