18 julio, 2010

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Qué feo…

¿Que es esto?… ¿alguna idea?

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Es un anélido, específicamente un Platynereis dumerilii, especie con la cual Dray et al. trabajaron para determinar el origen evolutivo de la segmentación [Science 329 (5989); 339 – 342], una característica clave en la organización corporal de varios grupos de animales que incluye a los anélidos, platelmintos, artrópodos y vertebrados. A partir de los embriones de artrópodos determinaron que la vía de señalización de Hedgehog es la responsable de controlar la segmentación y que su función es conservada en Platynereis. Así que el origen evolutivo de la segmentación se debe haber dado en un ancestro común entre los anélidos y artrópodos, en otras palabras, en el último ancestro común de los animales protóstomos.

15 julio, 2010

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Por qué no podemos hacer lo mismo?

Salió una historia muy interesante en la editorial del último número de Nature, acerca de como Brasil llegó ha estar a la vanguardia de la Biotecnología, la historia mas o menos dice así…

Corría el mes de mayo del año 97, cuando un par de científicos brasileños discutían y esbozaban un “pequeño” proyecto. Ellos eran José Fernando Pérez y Fernando Reinach, el primero director de la Fundación de Investigación de Sao Paulo (FAPESP), y el segundo, uno de sus principales asesores. ¡Vamos a secuenciar un genoma! – dijeron. De hecho que el proyecto sonaba muy ambicioso, y para los científicos más viejos – quienes se sentían cómodos viendo como avanzaba la biotecnología en EEUU y Europa – era descabellado. Sin embargo, a este par de científicos no les importó y pusieron muchos esfuerzos para llevar a cabo el proyecto. Empezaron a formar capacidades en genómica y bioinformática – la base de cualquier estudio de secuenciamiento – y formaron rápidamente un buen equipo de trabajo.


El organismo seleccionado fue una bacteria, Xylella fastidiosa (un patógeno de los cítricos), y la inversión inicial fue de $12 millones, dedicados única y exclusivamente para la compra de secuenciadores, computadoras, reactivos y para capacitaciones. El 13 de Julio del 2000 fue publicado la secuencia genética de la Xylella fastidiosa en la revista Nature, [Nature 406, 151–157; 2000] y no sólo eso, fueron portada de ese número de la revista!

Bueno, es una bonita historia pero no queda ahí. El proyecto siguió avanzando, los investigadores del FAPESP estuvieron ocupados secuenciando otro genoma de otro patógeno de los cítricos, además empezaron a secuenciar el genoma de la caña de azúcar – el principal cultivar del Brasil – y apoyaron con el Proyecto del Genoma del Cáncer Humano. En base a las investigaciones que se hacían en la caña de azúcar surgieron dos empresas: Allelyx (Xylella al revés), la cual se dedicaba a estudios genómicos; y CanaVialis, la cual se dedica ha innovar y mejorar los cultivos de caña de azúcar. Ambas empresas fueron compradas por Monsanto en el año 2008 por la suma de $290 millones.

Todo esto ha permitido que los científicos brasileños estén a la altura de cualquier científico americano o europeo. Además, Brasil no se ha conformado con eso, actualmente su Ministerio de Ciencia y Tecnología – algo que a nuestro país le falta y es necesario tener, en vez de uno de cultura – está promoviendo el desarrollo de su Centro de Investigación del Bioetanol. Sin embargo han caído en un pequeño problema… no tienen muchos investigadores doctorales, la mayoría está en otros países investigando gracias a becas. La FAPESP está promoviendo que estudiantes doctorales de otras partes del mundo vallan a investigar al Brasil, una idea estupenda ya que, si bien son investigadores de otros países, sus investigaciones la hacen en Brasil y para Brasil, y es el país anfitrión el que gana con todo esto.

Las universidades brasileñas al ofrecer becas investigan más, ganan más financiamientos, forman parte de proyectos internacionales, adquieren equipos de última generación, dan las condiciones óptimas para realizar investigaciones de calidad, tal como cualquier país desarrollado; poniendo a Brasil a la vanguardia de la Biotecnología en Sudamérica.

Ahora… ¿El Perú puede seguir este ejemplo? Claro que sí, pero se debe correr un pequeño riesgo y hacer una fuerte inversión. Los equipos para estudios genómicos y proteómicos han bajado considerablemente de precio – comparado con lo que le costó a los brasileños en el año 1997 –, y no sólo eso, los equipos de última generación te permiten secuenciar cientos de fragmentos en una sola corrida. Además, por qué conformarnos con el genoma de un sólo organismo, si podemos analizar de cientos de ellos a la vez, hacer Metagenómica en vez de Genómica. Por qué no usar herramientas bioinformáticas para predecir genes, estructuras proteícas, interacción de moléculas con proteínas, mecanismos de regulación, etc. y hacer un trabajo más focalizado. Por qué no hacer bioprospección y buscar genes, enzimas y principios activos en nuestra inmensa biodiversidad y darle una aplicación industrial, para conseguir dinero y hacer más investigación y desarrollar nuevas tecnologías.

Todo esto se puede hacer, tenemos profesionales sumamente capacitados, lamentablemente no trabajan en el Perú, pero si les damos las condiciones óptimas para que puedan hacer sus investigaciones aquí, estoy seguro que muchos de ellos estarán dispuestos a regresar para hacer algo por su país. Si generamos más conocimientos, desarrollamos o usamos nuevas tecnologías, el Perú será un país atractivo para hacer investigación ya que tenemos una gran riqueza – la cual es nuestra gran ventaja comparativa con respecto a otros países como Chile o Argentina – tenemos una diversidad biológica envidiable. Y no sólo tenemos mucha biodiversidad, también tenemos una gran cantidad de ecosistemas diferentes, zonas de vida diferentes, los cuales incrementan la cantidad de nuestros recursos genéticos en varios órdenes de magnitud. Nos damos el lujo de tener decenas de variedades de una misma especie, cada una con características diferentes. Y también tenemos una gran riqueza en conocimiento tradicional el cual debe ser aprovechado y explotado pero con mucha responsabilidad social, tratando de integrar al desarrollo científico a las comunidades nativas en vez de marginarlas.

Ojalá que nuestros gobernantes y políticos vean la importancia de invertir en investigación y desarrollo, tenemos muchos ejemplos al costadito (Chile o Brasil), si funcionó ahí por qué no acá… En fin si las cosas no cambian tendré que ser presidente, no hay de otra…

14 julio, 2010

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Cada cuanto tiempo se dan las extinciones masivas?

Una interesante recopilación de Lisa Grossman muestra que las extinciones masivas se dan cada 27 millones de años, según las nuevas evidencias fósiles. Esto de las extinciones masas viene desde el año 1984, cuando los paleontólogos David Raup y Jack Sepkoski observaron que había un patrón alarmante en cada una de las extinciones masivas ocurridas anteriormente. Todos sus datos se basaron en registros fósiles marinos, ya que son los más fáciles de conseguir – de manera completa – y fáciles de caracterizar.

Raup & Sepkoski vieron que había algo allá afuera en el espacio que gobernaba estas extinciones masivas; esto a la luz de la teoría que surgió en 1980 de que los dinosaurios se extinguieron debido al impacto de un cometa a la Tierra. Raup & Sepkoski propusieron la idea de Némesis, una estrella que cada cierto tiempo mandaba una lluvia de cometas hacia la Tierra, debido a que su gravedad, sacaba de órbita a los cometas que orbitan en la nube de Oort, un cúmulo de asteroides hipotético que se encuentra a 1 año luz del sol, más allá de los confines del sistema solar.

Recientemente, dos grupos de astrónomos independientes han sugerido que la estrella responsable de estos hechos catastróficos, Némesis, pudiera ser una estrella enana roja o enana marrón. Esta naturaleza de estas estrellas las hacen prácticamente invisibles a nuestros telescopios, por eso no las hemos podido encontrar. Esta estrella podría estar entre 1 y 2 años luz de distancia del sol, y con una órbita que cada 26 o 27 millones de años pasa cerca de la nube de Oort, mandando una lluvia de cometas hacia la tierra. Pero, debido a que esta estrella es relativamente pequeña, su interacción con otras estrellas más grandes podrían afectar su órbita y su paso por la nube de Oort podría variar entre un 15 y 30% de tiempo.

Sin embargo, Adrian Melott y Richard Bambach, del Museo de Historia Natural de Washington, dicen que estas extinciones masivas se dan cada 27 millones de años, de manera muy exacta, con una confidencia del 99%, “tan exacto como un reloj”. ¿Como determinó esto? Para eso uso dos de las base de datos más grandes del mundo paleológicos: La base de datos de Sepkoski y la base de datos paleobiológico. Usando algoritmos matemáticos en su búsqueda, observaron que había un patrón en las extinciones que se repetía cada 27 millones de años. Sin embargo, no pudieron determinar quien o que era lo que causaba estas extinciones, lo cual abría la posibilidad a Némesis.

Pero, como volvemos a repetir, todo esto se basa solo en registros fósiles que en su mayoría son de organismos marinos. Cuando se habla de extinciones masivas también se refiere al porcentaje de géneros diferentes extintos, no se habla a nivel de especies porque es imposible saber cuantas especies existían en un determinado momento; los géneros por agrupar muchas especies si pueden ser estimados. Tampoco se considera a la diversidad microbiana ni los metazoos, son tan pequeños que un registro fósil de ellos es casi imposible de encontrar. Se cree que hoy habitan en la Tierra sólo el 2% de todas las especies que han existido alguna vez y también se cree que en los periodos Pérmico, Triásico y Cretácico han podido haber más especies de las que existen ahora.

Sin embargo, no sólo son los cometas los causantes de las extinciones masivas, también están los cataclismos que ocurren en el planeta, los súper-volcanes, los terremotos, las eras de hielo, las sequías, etc. Pero, no nos asustemos, sacando cuentas, la última extinción masiva que conocemos fue hace unos 65 millones de años, donde se extinguieron los dinosaurios, sumándole 27 millones de años, la siguiente extinción masiva fue hace unos 38 millones de años y la siguiente hace unos 11 millones de años, así que la siguiente será, todavía, dentro de 16 millones de años. Sin embargo, han habido pequeñas extinciones masivas importantes, la última ocurrió hace unos 10000 años, en el holoceno, donde desaparecieron los últimos grandes mamíferos como el Mamut, después de la última glaciación. Esta extinción favoreció mucho a la especie humana.

Como las extinciones masivas no se dan de un día para otro, pueden tardar cientos de años, hasta miles de años, o como la extinción del final del Pérmico, hace unos 250 millones de años, pudo haber durado 1 millón de años; de repente hoy estamos viviendo una extinción masiva al arrasar con nuestros recursos naturales, desplazar a las especies de sus ambientes naturales, provocando desastres ecológicos como el del Golfo de México, o con el Calentamiento Global, quien sabe, solo el tiempo lo dirá.

13 julio, 2010

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Por qué se da la adicción a la cocaína?

Cuanta gente que empieza a consumir cocaína, heroína o nicotina (o Terocal como yo) y nunca la pueden dejar, por más tratamientos e internamientos que tengan, ¿a qué se debe? La explicación es que, cuando se consume de manera constante una de estas drogas o cualquier otro estupefaciente, el cerebro se adapta a tenerla siempre en él y lo toma como si fuera “normal”, volviéndolo menos sensible a los efectos que tanto les gusta sentir, así que necesitan de más para alcanzar el efecto deseado. En este punto, la dosis que consume un drogadicto podría llevar a la muerte por sobredosis a una persona normal que por primera vez prueba una de estas drogas.

Pero, ¿cuales son las bases bioquímicas y moleculares que dan paso a la adicción? Hollander et al. pudo haber encontrado la respuesta a los cambios neuronales que terminan en la tolerancia a las drogas, debido a su consumo prolongado, estudiando los cerebros de ratas”coqueras”. Primero, debemos saber que, drogas como la cocaína, atacan y alteran los sistemas de recompensa del cerebro. Y, ¿quienes están detrás de esto? Las responsables son unas pequeñas cadenas de ARN de 21 a 23 nucleótidos de largo llamado microARNs (miARN).

Para recordar: Aquí un post que publiqué hace un par de años respecto al tema.

Como pueden ver, los miARNs regula la expresión de los genes a nivel post-transcripcional (después de ser transcritos de ADN a ARN mensajero). El genoma humano codifica para aproximadamente 1000 miARNs, y si están en el cerebro, de hecho regularán la expresión de genes que controlan su estructura y función, y tal vez puedan estar relacionados con la adicción.

image Hollander et al. encontraron que la cocaína aumentaba los niveles de un miARN llamado miR-212 en una región del cerebro llamada estriado dorsal. Pero, ¿de que manera estaba relacionado con la adicción? Para esto tomaron unas ratas drogadictas a las cuales les insertaron un vector cargando un miR-212. La característica de este vector era que el miR-212 se sobre-expresaría aumentando sus niveles en el cerebro. Los investigadores observaron que las ratas – que antes de insertarles el vector eran más coqueras que Maradona – disminuyeron su ansiedad por la cocaína. Para confirmar este experimento, diseñaron otro provocando un efecto contrario. Para esto silenciaron (“apagaron”) el miR-212 y observaron que las ratas drogadictas aumentaron su ansiedad y consumo de cocaína.

De estos dos primeros experimentos sacaron la conclusión que miR-212 tenía que ver, de cierta manera, con el control del sistema compensatorio del cerebro. Cuando se sobre-expresaban reducían la ansiedad y consumo de cocaína de las ratas drogadictas, mientras que en su ausencia, el consumo de cocaína aumentaba. La deficiencia de miR-212 las volvía más vulnerables a la drogadicción.

Ahora tenemos una nueva pregunta por responder. ¿El miR-212 a que nivel actúa, sobre que proteína tiene un efecto regulador, con que proteínas puede interactuar? Hollander encontró que la cocaína inducía la expresión de CREB, un importante señalizador del sistema compensatorio del cerebro, el cual reduce las propiedades motivacionales de la droga. Además, encontró que miR-212 respondía positivamente a la expresión de CREB, pero CREB sólo era funcional si estaba fosforilada. Así que aquí falta algo que fosforile a CREB. La respuesta fue que miR-212 inducía – de alguna forma – la producción de AMPc, la cual acetilaba a TORC – miembro de una familia de proteínas que actúa como co-activador de CREB – fosforilando a CREB.

El AMPc es una molécula envuelta en muchos procesos de activación y desactivación de la expresión de muchas proteínas, sin embargo, no está presente siempre, debe haber un desequilibrio en alguna vía metabólica para que se manifieste. Hollander encontró que miR-212 inhibía muchos genes que codificaban para represores de Raf1 la cual es la responsable de la acumulación del AMPc. En otras palabras, Raf1 sintetiza AMPc pero siempre se encuentra inactiva debido a que sus represores, como SPRED1, siempre se encuentran activos. miR-212 regula la expresión de SPRED1 (y otros inhibidores de Raf1) y el AMPc cíclico se produce. Esto se demostró usando un gen SPRED1 resistente a miR-212, el cual inhibía a Raf1 y no se producía AMPc.

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Entonces, para no marearlos más, la sobre-expresión de miR-212 se da debido al consumo excesivo de cocaína. miR-212 inhibe a SPRED1 y Raf1 queda libre para hacer lo que le da la gana, en este caso, producir grandes cantidades de AMPc. El AMPc activa – mediante acetilación – a TORC, el cual es un co-activador de CREB. CREB está relacionado directamente con el sistema de recompensa del cerebro, cuanto más CREB hay, el cerebro siente menos recompensa ante el consumo de cocaína y necesita de más para sentir placer. Esto se convierte en un círculo vicioso, porque, nuestro cerebro siente cada vez menos placer y necesita de más droga, o también, siente que una determinada cantidad de droga en el cerebro es normal y su ausencia provocará un desequilibrio y una necesidad por suplir esa carencia.

Ojo, cabe resaltar que este estudio fue hecho en ratas, pero, ha dado grandes respuestas y posibles mecanismos para tratar la adicción a la cocaína y otras drogas. Si se pudiera controlar la expresión de miR-212, se podría controlar la ansiedad, o por lo menos, mantenerla en ciertos valores que no lleven al uso excesivo de la misma.

Referencia:

ResearchBlogging.orgHollander, J., Im, H., Amelio, A., Kocerha, J., Bali, P., Lu, Q., Willoughby, D., Wahlestedt, C., Conkright, M., & Kenny, P. (2010). Striatal microRNA controls cocaine intake through CREB signalling Nature, 466 (7303), 197-202 DOI: 10.1038/nature09202

06 julio, 2010

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Foldit! en la carátula de Nature

Hace un par de años salió a la luz el primer juego bioinformático llamado Foldit. Este juego consiste en plegar proteínas, mover las estructuras alfa hélice, beta plegadas, residuos polares, apolares, hidrofílicos e hidrofóbicos, de tal manera que la proteína adquiera su configuración terciaria óptima, termodinámicamente estable. Foldit, más que un juego, es un programa bioinformático de visualización y modificación de estructuras proteicas. Hay muchos programas para ver y visualizar proteínas (Cn3D, Swiss PDB Viewer, etc…), sin embargo, Foldit te da puntaje por correctos plegamientos que te permiten subir en el ranking, además puedes formar grupos y redes con otros jugadores, que en su mayoría, son biólogos de todas partes del mundo.

Y por si fuera poco, con jugar Foldit no solo te estás entreteniendo y aprendiendo a usar una importante herramienta bioinformática, sino, estás colaborando con la comunidad científica mundial. ¿Como? Cada día se secuencian muchas proteínas en el mundo, sin embargo, no de todas se ha podido determinar su estructura 3D (terciaria), debido a su dificultad para ser cristalizadas, el cual es un requisito indispensable para determinar su configuración mediante la difracción de rayos X. Las secuencias aminoacídicas que conforman una proteína son plegadas de acuerdo a proteínas similares, según su relaciones filogenéticas y dominios conservados. Mediante Foldit, tu podrás plegar una proteína hasta encontrar una forma termodinámicamente estable, te darán más puntos cuanto más estable sea; y recuerda que no sólo eres tú, son miles de personas que juegan Foldit, así que una misma proteína será plegada de miles de formas diferentes, tal vez una de ellas sea la correcta. Este trabajo antes se hacía de manera individual, un biólogo molecular se pasaba años tratando de determinar la estructura tridimensional de su proteína estudiada, ahora, este proceso es mucho más rápido.

Y de seguro el objetivo principal de Foldit se ha cumplido, o se está cumpliendo, ya que esta semana fue aceptado el primer artículo científico de Foldit en la prestigiosa revista Nature. Y no sólo eso, está compitiendo para ser la portada del número en el que será publicado, todo un honor para cualquier científico del mundo. La imagen que ha sido diseñada y propuesta para enviarlo a Nature es la siguiente:

Esta imagen está hecha con las fotos de perfil de toda la comunidad de Foldit!. Si eres miembro de Foldit, necesitan de tu aprobación [http://fold.it/portal/node/987940] para que tu foto de perfil aparezca en la imagen que será mandada a Nature.

01 julio, 2010

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Atlas de anticuerpos y proteínas

Tal vez muchos ya los conozcan, pero de todas maneras les alcanzo este par de recursos. El atlas de las proteínas humanas [http://proteinatlas.org/] muestra la expresión y localización de nuestras proteínas en una gran variedad de tejidos, tanto sanos como cancerosos. Las imágenes fueron tomadas usando técnicas de marcaje de proteínas como la inmunohistoquímica y la inmunofluorescencia. Actualmente este atlas cuenta con más de 11200 anticuerpos y más de 9.1 millones de imágenes.

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La interfaz es bastante sencilla de manejar, te puede redirigir rápidamente a su acceso en UniProt, NCBI o EMBL, además muestra que tipo de proteína es (si es de membrana, si es plasmática o es una enzima), también nos muestra el anticuerpo para cada proteína (en caso que la tuviera).

Se espera que para el 2014 se termine el Proteoma Humano. Esto abriría muchas posibilidades, a parte de complementar lo que conocemos del Genoma Humano. Conocer a detalle cada una de las proteínas de nuestro organismo nos ayudaría determinar cuales son las que se expresan o influyen en el desarrollo de ciertas enfermedades autoinmunes o hasta en el mismo cáncer, se podría diseñar anticuerpos específicos y marcarlos con fármacos o radiofármacos para hacer mas efectiva y específica la quimio y la radioinmunoterapia.

Para los que les gusta la bioinformática, un lugar para entretenerse un buen rato.