05 diciembre, 2013

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Aunque no lo creas, es seguro ingerir Ácido Desoxirribonucleico

Extra

— Ayer leí en el Extra [diario sensacionalista del Perú] que ingerimos un gramo de Ácido Desoxirribonucleico por día sin si quiera saberlo.

— Incluso más, dependiendo de tu dieta.

— ¡Diablos! Sin dudas vivimos en un mundo en el cual ya ni si quiera podemos comer sano… y siempre las empresas ocultándonos los aditivos que le ponen a los alimentos.

— Pero no te preocupes que ingerir Ácido Desoxirribonucleico no hace daño.

— ¿En serio?

— Pues, sí.

— Pero, ¡si es un ácido!.

— Sí, pero es un ácido débil, como el de los limones (ácido cítrico) o del yogurt (ácido láctico). Nada que ver con los ácidos fuertes como el sulfúrico (H2SO4) o el clorhídrico (HCl).

— Y ¿cómo lo sabes?

— Pues en base al pKa. El pKa es un valor que indica, de forma relativa, la fuerza de un ácido. Cuanto menor es ese valor, más ácido es el compuesto. La acidez del Ácido Desoxirribonucleico se debe al grupo fosfato, cuyo valor pKa es cercano a 1, mientras que en el ácido cítrico es de 3,08 y en el ácido láctico es de 3,86. Por otro lado, los ácidos fuertes como el H2SO4 o el HCl tienen valores de pKa de –3 y –8, respectivamente.

— ¿Y qué pasa con eso de “nucleico”? La energía nuclear me da mucho miedo, por eso de la radiación y el cáncer que provoca. Mira no más lo que pasó en Chernóbil y Fukushima. Y tan solo pensar que lo que como ha pasado por esas máquinas de resonancia magnética nuclear, no me da buena espina.

— Lo de nuclear se refiere a que fue descubierto por primera vez en el núcleo de las células. Todos los seres vivos tienen esta sustancia, incluyendo a los microorganismos como las bacterias y los virus que no tienen núcleo.

— Uhm. Pero no me vas a decir que eso de desixo… desoxi…rriba… pues esa cosa impronunciable es saludable. Ya me dijo mi doctor que cuanto más difícil de pronunciar sea el nombre de una sustancia, menos natural y más dañino para a salud será.

— En realidad la ribosa es un azúcar muy parecido a la glucosa y fructosa que usamos diariamente para endulzar nuestro café con la diferencia que tiene 5 átomos de carbono en vez de 6. Lo de “desoxi” quiere decir que perdió un átomo de oxigeno.

— Pero, aún así, no estoy de acuerdo a que le pongan tantos aditivos a los alimentos, así sea de origen natural.

— ¡Que no es un aditivo! El Ácido Desoxirribonucleico o ADN…

— Espera, ¿dijiste ADN? Por qué no empezaste por ahí. Si sé qué es el ADN. Es la famosa “molécula de la vida” que da las instrucciones para formar un ser vivo. Eso que usaron los científicos para clonar a la oveja.

— ¡Claro! Algo así. Ya vez que no le ponen ADN a las comidas porque estas ya la traen incorporadas. Cada ensalada que comes tiene millones de moléculas de ADN. Cada plato de cebiche o lomo saltado tiene varios miligramos de ADN que ingresan a tu organismo. El ADN forma parte de todos los seres vivos porque conforma los genes.

— ¿Eso quiere decir que comemos millones de genes cada día?

— Así es.

— ¿Y esos genes pueden entrar a nuestras células y convertirlas en otros organismos?

— Una pregunta interesante, pero no ocurre eso. El ADN es degradado en nuestro tracto digestivo gracias a los compuestos químicos que segrega, entre ellos, una enzima llamada ADNasa producida por el páncreas que rompe el ADN en bloques muy pequeños que ya no tienen función alguna y sólo sirven como materia prima para nuestras células.

— Ah ya. ¿Y qué pasa con los transgénicos? Dice que tienen genes de otras especies que los usan para hacerlos brillar en la oscuridad.

— Como te mencioné, el ADN tiene la misma composición química venga de la especie que venga. No hay diferencia si te comes un gen de maíz introducido en el arroz o un gen del arroz introducido en el maíz.

— Gracias por tu tiempo y paciencia para aclararme este tema. Mañana te invito un pollito a la brasa pero, eso sí, sin cloruro de sodio que no le tengo confianza a ese químico.


Esta historia fue inspirada por este artículo: Is DNA eating safe?

03 diciembre, 2013

De los ensayos clínicos a las publicaciones científicas

Todos los medicamentos y agentes terapéuticos disponibles en el mercado han pasado por un riguroso proceso de evaluación experimental para determinar su eficacia --tratando alguna infección o enfermedad-- y los posibles efectos secundarios. Este proceso es conocido como un ensayo clínico y consta de cuatro fases [más información aquí].

Desde el 2007, la FDA (Administración de Medicamentos y Alimentos de los Estados Unidos) estableció que todos los ensayos clínicos realizados en EEUU deben ser hechos públicos a través del repositorio clinicaltrials.gov en un plazo menor a un año de haber concluido dicho estudio, incluso si aún no han sido publicados en una revista científica. La finalidad de esta iniciativa era reducir el tiempo y dinero que se pierde tratando de analizar compuestos que ya han sido probados y rechazados anteriormente, pero que nadie se entera porque muchas veces los resultados negativos no son publicados o tardan mucho en hacerlo. Por otro lado, también se fomenta la transparencia de los ensayos clínicos y se facilita el acceso a los datos para posteriores análisis.

Ahora, un grupo de investigadores franceses comparó el tiempo de publicación y la integridad de los resultados de los ensayos clínicos registrados en ClinicalTrials.gov y en las revistas médicas. Los resultados fueron publicados el 3 de diciembre en PLOS Medicine.

Demoras y falta de integridad

En marzo del 2012, Carolina Rivero y sus colaboradores entraron a ClinicalTrials.gov y seleccionaron 600 ensayos clínicos con las fases III y IV concluidas y buscaron en el PubMed sus respectivas publicaciones científicas. Lo que encontraron fue que menos del 50% de los ensayos clínicos habían sido publicados en una revista médica. Por otro lado, el tiempo promedio transcurrido entre el desarrollo del estudio y la publicación de los primeros resultados en el repositorio o en la revista era de 19 y 21 meses, respectivamente.

En cuanto a la integridad del estudio, los investigadores consideraron tres factores comparativos: el flujo de los participantes (número de participantes, métodos de selección, agrupamientos, abandonos, etc.), los resultados de eficacia (mediciones del principal objetivo de análisis que demuestren que la sustancia de estudio funciona o no) y los efectos adversos y adversos graves durante el ensayo clínico. Los investigadores encontraron que los resultados publicados en ClinicalTrials.gov fueron más completos que los publicados en las revistas médicas en las siguientes proporciones: flujo de participantes (64% Vs 48%), resultados de eficacia (79% Vs 69%), eventos adversos (73% Vs 45%) y eventos adversos graves (99% Vs 63%). Estos resultados indican que la información más completa se encuentra en ClinicalTrials.gov.

Muchas veces los científicos tienden a publicar solo los resultados "más favorables" de un determinado estudio, por lo que sería muy importante para los revisores y editores de las revistas médicas que también consideren los datos que aparecen en los registros para que así puedan identificar las inconsistencias y los efectos significativos inexistentes.


Referencia:

ResearchBlogging.orgRivero, C., & et al. (2013). Timing and Completeness of Trial Results Posted at ClinicalTrials.gov and Published in Journals PLOS Medicine DOI: 10.1371/journal.pmed.1001566

 

02 diciembre, 2013

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Espectacular video del cometa ISON

Hace unos tres millones de años, una roca exiliada en los confines del sistema solar, en una región conocida como Nube de Oort, empezó su largo viaje hacia el Sol. A medida que la roca se acercaba a nuestra estrella, el hielo que contenía en su interior comenzó a sublimarse (paso directo del estado sólido a gaseoso) dejando una enorme estela brillante tras de sí.

En setiembre del 2012, dos astrónomos rusos (bueno, uno bielorruso) del International Scientific Optical Network (ISON) lo descubrieron y lo nombraron C/2012 S1. El cometa rápidamente se hizo famoso debido al tamaño (2 Km de diámetro) e integridad de su núcleo, lo que presagiaba que sería el más brillante de los últimos años, tanto así que lo nombraron el "cometa del siglo".

El 28 de noviembre pasado, el cometa ISON se acercó a un poco más de un millón de kilómetros de la superficie del Sol, una distancia tan corta que lo más probable era que se evaporara y desintegrara debido al enorme calor y gravedad de nuestro astro rey. Su viaje suicida fue seguido muy de cerca por dos observatorios espaciales solares: SOHO y STEREO. Estos telescopios cuentan con coronógrafos que permiten bloquear el inmenso brillo del sol para estudiar su atmósfera y objetos menos brillantes alrededor de él (es como crear un eclipse total constante).

Gracias a estos equipos se pudo grabar el siguiente video:

Los científicos siguen estudiando si quedó algo del cometa ISON. En el video se aprecia que hay restos del cometa que sobreviven y rodean la superficie del Sol, lo que no se sabe es si sólo son escombros o si ha sobrevivido alguna parte íntegra del núcleo de roca y hielo. Sólo queda esperar las imágenes que tomará próximamente el telescopio espacial Hubble.

20 noviembre, 2013

Los sistema de datación en arqueología: cronología relativa y absoluta (PARTE II)


B. DATACIÓN ABSOLUTA

La datación absoluta se basa en técnicas científicas y se caracteriza por dar una datación aproximada, con más o menos desviación, a una fecha determinada, lo que permite crear cuadros cronológicos mucho más precisos. Gracias a estas técnicas podemos tener fechas en años calendáricos, es decir, Antes de Cristo (a.C.) o después de Cristo (d.C.). Veamos cuales son las principales técnicas de datación absoluta aplicados hoy en día por los arqueólogos.

Varvas glaciares

En 1878, el geólogo sueco barón Gerard de Geer observó que ciertos depósitos de arcilla se estratificaban de un modo uniforme. Se dio cuenta de que estos estratos o “varvas” se habían depositado en lagos en torno a las márgenes de los glaciares escandinavos debido a la fusión anual de las capas de hielo que habían ido retrocediendo regularmente desde el final de la última Era Glaciar.

El grosor de los niveles variaba de año en año produciendo un estrato grueso en un año cálido, con el aumento de la fusión glacial, y un nivel fino bajo condiciones más frías. Midiendo los espesores sucesivos de una secuencia completa y comparando el modelo con las varvas de áreas próximas, se demostró que era posible vincular secuencias prolongadas entre sí.


Dendrocronología

La datación por este método se basa en la observación del crecimiento anual diferencial de los anillos de los árboles. El método se empezó a aplicar a partir de 1930, en que el astrónomo norteamericano A.E. Douglas, trabajando con troncos bien conservados del Suroeste americano, pudo asignar fechas absolutas a muchos de los principales yacimientos de la zona.

La mayoría de los árboles producen un nuevo anillo de madera cada año y esos círculos de crecimiento pueden verse con facilidad en un corte transversal del tronco de un árbol talado. Estos anillos no tienen el mismo grosor, variando anualmente en función de las fluctuaciones del clima: en regiones áridas, unas precipitaciones por encima de la media anual pueden producir un anillo particularmente grueso; mientras que en zonas más templadas, la luz del sol y la temperatura pueden ser más decisivas que la lluvia y un enfriamiento repentino en primavera puede dar lugar a un anillo estrecho.

Midiendo y combinando estos anillos se puede crear un diagrama que indica el grosor de los anillos sucesivos de un árbol en concreto. Los árboles de la misma especie que crecen en la misma zona presentarán, por lo general, el mismo patrón de anillos, de forma que se puede comparar la secuencia del crecimiento de troncos cada vez más antiguos para elaborar una cronología de la zona.

 

Quizás la mayor contribución de la dendrocronología a la datación arqueológica haya sido el establecimiento de secuencias prolongadas de anillos de crecimiento, con las que ha sido posible contrastar y calibrar las fechas radiocarbónicas.

Para crear la secuencia, la comparación se tiene que llevar a efecto en árboles de la misma especie y de la misma zona, por lo que el método tiene una restricción de ámbito espacial: sólo es aplicable a árboles de regiones exteriores a los trópicos, pues es allí donde los marcados contrastes estacionales producen anillos anuales bien definidos. El método se ha llevado a cabo en Norteamérica sobre especies de abetos y secuoyas –algunos de cuyos ejemplares alcanzan una edad de 4.900 años–, y en Europa sobre especies de roble.

Datación radiocarbónica

Las técnicas de datación con radiocarbono, que fueran desarrolladas en 1947 por el químico estadounidense Willard Frank Libby y sus colaboradores de la Universidad de Chicago, suelen ser útiles para la datación en arqueología, antropología, oceanografía, edafología, climatología y geología. Por su trabajo con el radiocarbono, Libby obtuvo el premio Nobel en 1960.

El carbono es producido naturalmente por el bombardeo cósmico en la atmósfera superior. Está formándose continuamente. Luego de su formación, el carbono se combina con el oxígeno formando CO2 que se disuelve en los océanos, se combina con las plantas a través de la fotosíntesis y es incorporado por los animales al alimentarse de ellas. El carbono tiene tres isótopos. A diferencia del C12 y C13, el C14 es muy inestable y por lo tanto radioactivo, es decir, se desintegra espontáneamente emitiendo débiles radiaciones mientras lo hace.

La absorción del C14 cesa cuando la planta o el animal muere y su concentración comienza a descender debido a la desintegración radiactiva. Libby demostró que, conociendo el ritmo de desintegración o vida media del C14, era posible calcular el tiempo transcurrido desde el momento en que el organismo habría muerto. Se ha conseguido determinar que la tasa de C14 se desintegra a ritmos regulares, así conocemos que en los primeros 5730 años se reduce en la mitad, en los siguientes 5730 años en la mitad de lo anterior (1/4), y así sucesivamente.



Hay dos métodos de datación: el convencional y el AMS (Accelerator Mass Spectometry). Este último es el más reciente y detecta directamente el número de átomos C14 en la muestra en relación con el C13 y C12. El AMS tiene algunas ventajas como permitir que las muestras sean mucho más pequeñas (5 a 10 mgr.), minimizando así la destrucción del material a datar; sin embargo, su desventaja es que es más costoso de realizar y requiere mucho menos tiempo. Puede emplearse en madera, carbón, hueso, sedimentos, y cualquier cosa orgánica que forme parte de la Biosfera con un error promedio de unos 80 años.

El radiocarbono ha ayudado a los arqueólogos a establecer, por vez primera, una cronología confiable de las culturas del mundo y ha dado a la arqueología una sofisticación científica.

Sin embargo, el método también presenta problemas. Uno de los principios básicos del radiocarbono no es correcto, Libby pensó que la concentración de C14 en la atmósfera había permanecido constante. Hoy sabemos que esto no es correcto, la concentración de C14 ha variado. En 1950, durante el apogeo de las pruebas termonucleares, se inyectaron artificialmente grandes cantidades de carbono en la atmósfera. El método que demostró la inexactitud también ha proporcionado los medios para calibrar las fechas radiocarbónicas: la dendrocronología (ver arriba).

Asimismo, el mayor problema que puede arrastrar dificultades en la datación por radiocarbono la contaminación que se produce en las muestras al momento de ser recogidas.

[Continuará...]

Julio Sánchez García

Julio Sánchez es licenciado en arqueología por la Universidad Nacional San Cristóbal de Huamanga y candidato a magister en el Programa de Estudios Andinos de la Pontificia Universidad Católica del Perú. Entre sus áreas de interés se encentra la arqueología Moche, la arqueología Huari, las prácticas rituales y los festines funerarios en los Andes, el patrimonio y la gestión cultural.
Contacto: julio.sanchez@pucp.pe

01 noviembre, 2013

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¿Qué sale del cruce de una cebra y un burro?

Pues esto...

Zonkey
Zonkey

Una calurosa noche de verano, Martín, una cebra macho que fue rescatado de un zoológico donde era maltratado, saltó la cerca de una granja ubicada en la ciudad de Florencia (Italia). La razón era que estaba enamorado de un amor imposible: una preciosa burra italiana llamada Giada. Con ayuda de su hocico, Martín liberó el pestillo del establo donde ella dormía plácidamente. Una suave rebuznada en el oído dio inicio a una noche de pasión equino.

Doce meses después, Giada parió un lindo, eh... ¿Bubra? ¿Ceburro? La cosa es que sus extremidades son de cebra pero su cara es de burro. Su nombre Ippo.

Si bien este híbrido es raro (son pocos los que tienen una cebra y un burro en la misma granja), no es imposible que ocurra. Sin embargo, la mayoría de los "zonkeys" (nombre en inglés que le dieron a este cruce) o bien se parecen más a un burro o bien a una cebra. Ippo prácticamente tiene la mitad de cada progenitor. Además, existen otros cruces similares de cebras con caballos y mulas. Lo que aún se desconoce es si Ippo será fértil o no ya que la mayoría de estos híbridos no suelen serlo.

Vía | Physorg.

 

15 octubre, 2013

Los sistema de datación en arqueología: cronología relativa y absoluta (PARTE I)

La arqueología es la ciencia que estudia a la cultura humana a través de la recuperación, documentación, análisis e interpretación de las evidencias materiales (cultura material) y su relación con el medio ambiente (paisaje). Distintos autores concuerdan en considerar al hombre y la sociedad humana como el objeto principal del estudio de la arqueología, y a la interpretación del comportamiento, así como el cambio y desarrollo cultural en el pasado, como su fin o meta.

Imagen | Flickr: @elmorsa 
Por registro arqueológico se conoce al conjunto de elementos formales originados por la acción social pasada que perduran hasta la actualidad y que constituye las fuentes de la arqueología. En otras palabras, es todo material mueble e inmueble hallado en un yacimiento arqueológico, que fueron hechos y utilizados por el hombre hasta ser abandonados al finalizar su vida útil.

Como dice Colin Renfrew en el prólogo del libro Siglos de oscuridad (Crítica, Barcelona, 1993) de Peter James: “La historia necesita fechas. La cronología es la columna vertebral tanto de la arqueología como de la historia, ya que, sin un marco temporal, no puede establecerse una secuencia de acontecimientos, ni se puede tener una visión clara de lo que sucedió en el pasado, ni saber qué avance significativo apareció primero”. Así pues, es ambición de todo arqueólogo colocar en el tiempo los sucesos, y sin la cronología no habría posibilidad de obtener la lógica de esos sucesos. Sólo cuando se sabe qué ocurrió antes y qué aconteció después, hay historia verdadera.

La mayor parte de los sistemas humanos de medición se calculan en años. Esta escala temporal asigna fechas desde o en un momento concreto del tiempo, de forma que en el mundo cristiano, por convención, se usa para datar el tiempo el nacimiento de Cristo, contándose los años antes o después del año 1 de la era cristiana. Para la obtención de una cronología o datación de los objetos arqueológicos se recurre un doble camino:

a. Cronología relativa o fijar que un objeto o una cultura es anterior o posterior a otra; es decir, ordenar las cosas en secuencias.

b. Cronología absoluta o fijar el objeto en un sistema cronológico universal dando la fecha exacta de su fabricación o utilización.

A. DATACIÓN RELATIVA

Hasta la aparición de las primeras técnicas científicas de datación aplicadas a la arqueología, en torno a los inicios del siglo XX, la datación arqueológica dependía casi por completo de los métodos históricos, que aún hoy día todavía resultan de gran valor.

La datación relativa es una forma arbitraria de datación ya que no necesariamente es correcta. No nos da fechas exactas o aproximadas, solo nos da periodos de tiempo bastante amplios lo cual nos permite una ordenación temporal de los registros arqueológicos. Es una forma de inferencia deductiva que hace el arqueólogo.

Así por ejemplo, para los períodos romano y medieval europeo las monedas ofrecen una oportunidad inconfundible de datación, ya que suelen llevar el nombre del gobernante que las emitió, cuya cronología normalmente es conocida. Por otra parte, la fecha de la moneda indica el año en que se fabricó, de tal forma que su inclusión en un depósito sellado establece un término post quem, una fecha máxima anterior a la cual no puede ser el depósito. Para los andes, la cerámica es una de las principales fuentes de datación relativa. Así tenemos, por ejemplo, la cronología de la costa norte basada en estilos cerámicos o las 5 etapas Moche hecha en base a la forma de las vasijas y los cambios en el asa estribo. La datación relativa implica ordenar los depósitos arqueológicos o capas estratigráficas, los artefactos y las estructuras en secuencias, estableciendo cuál es primero y cuál va después.

Ahora veamos cuales son las principales técnicas de datación usados por los arqueólogos:

Estratigrafía

La estratigrafía es el estudio de la colocación o deposición de estratos o niveles superpuestos. Desde el punto de vista de la datación relativa, el principio fundamental es que el nivel inferior se depositó antes que el nivel superior y, por tanto, el primero es más antiguo. De esta forma, una sucesión de estratos proporcionaría una secuencia cronológica relativa, desde los más antiguos (abajo) a los más modernos (arriba).

Imagen | Brown University.
Secuencias tipológicas

La forma de un artefacto —por ejemplo, una vasija— puede definirse por sus atributos específicos de material, forma y decoración. Varias vasijas con los mismos atributos constituyen un tipo; vasijas de diferentes tipos constituyen una secuencia tipológica. Hay dos conceptos que sirven de base para elaborar una datación relativa mediante la tipología:
  1. Los productos de un período y lugar determinado tienen un estilo reconocible, característico de la sociedad que los creó.
  2. El cambio estilístico de los artefactos suele ser gradual y evolutivo.
La seriación permite ordenar los conjuntos artefactuales en una sucesión, u ordenación seriada, que luego se aplica para determinar su ordenación temporal. Se han utilizado dos versiones de esta técnica: la seriación contextual y la seriación de frecuencia.
Imagen | Egyptological.
En la primera, lo que determina la seriación es la duración de los distintos estilos artefactuales (forma y decoración). Y la segunda se apoya principalmente en la medición de los cambios en la abundancia, o frecuencia, proporcional de un estilo cerámico.
Julio Sánchez García

Julio Sánchez es licenciado en arqueología por la Universidad Nacional San Cristóbal de Huamanga y candidato a magister en el Programa de Estudios Andinos de la Pontificia Universidad Católica del Perú. Entre sus áreas de interés se encentra la arqueología Moche, la arqueología Huari, las prácticas rituales y los festines funerarios en los Andes, el patrimonio y la gestión cultural.
Contacto: julio.sanchez@pucp.pe

08 octubre, 2013

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NaviCell: el Google Maps de las rutas metabólicas

ResearchBlogging.orgEl nacimiento de la biología molecular y los grandes avances que tuvo en la década de 1950, marcaron un hito en nuestra forma de entender cómo funciona la vida. Cada biomolécula que se descubría y se caracterizaba formaba parte de una intrincada red de reacciones químicas que ocurrían a cada instante en un determinado organismo.

El compuesto A formaba el compuesto B y este, a su vez, el compuesto C o D que servía de insumo para formar el compuesto E. Existían proteínas que facilitaban estas reacciones químicas (enzimas), permitiendo la conversión de un compuesto en otro. Habían otras que eran sub-unidades de moléculas mucho más grandes. Algunas proteínas sufrían cambios estructurales que afectaban su función. Y no solo eso, cada proteína era codificada por un gen que se activaba o inactivaba dependiendo de la presencia de otros compuestos. La complejidad de estas interacciones moleculares desafiaban la comprensión humana.

Los científicos se rompían la cabeza buscando formas de graficar y visualizar esta complejidad. En 1955, el Dr. Donald Nicholson (1916 – 2012) elaboró el primer diagrama de las rutas metabólicas*, que posteriormente pasaron a ser propiedad de la Unión Internacional de Bioquímica y Biología Molecular (IUBMB) y, desde 1990, publicados y comercializados por la empresa Sigma-Aldrich [1]. Su famoso mapa tuvo 22 ediciones, la última elaborada en el 2003, año en el que se dedicó a crear sus famosos Animaps (mapas de las rutas metabólicas interactivos).

(*) De seguro todos los que hemos estudiado biología o química hemos visto un póster que parece un diagrama del transporte público o las líneas del metro de una caótica ciudad colgado en uno de los pasillos o las oficinas de la Facultad o en algún laboratorio.

Donald Nicholson

Los mapas de interacción molecular son muy útiles para el desarrollo de problemas teóricos o experimentales, ya que pueden ser usados como como una hoja de ruta (cuando queremos saber como llegar del punto A al punto B) o como un diagrama electrónico (cuando queremos saber cómo están interconectados los distintos elementos que forman un sistema).

NaviCell es una nueva interfaz en línea, desarrollada por el Institut Curie de Francia, que permite visualizar e interactuar con las rutas metabólicas (las reacciones químicas que se llevan a cabo dentro de los seres vivos), de una manera muy intuitiva, tal como si estuviéramos buscando una avenida en el Google Maps [2].

Si bien existen muchas herramientas en línea que nos permiten navegar a través de las rutas metabólicas, tales como: KEGG, Panther, SPIKE, WikiPathways, TransPath, BioCyc, entre otros; NaviCell combina las características más esenciales de todos ellos, permitiendo colaborar con el mantenimiento y la curación de los mapas (detección de errores, identificación de nuevas reacciones, catalizadores y genes, etc.), además de intercambiar opiniones a través de los foros de discusión.

A diferencia de WikiPathways, donde cualquier usuario registrado puede modificar o actualizar los mapas, en NaviCell cada mapa cuenta con su propio blog para que los usuarios registrados dejen sus comentarios cada vez que detecten algún error o algo que deba ser actualizado. Un administrador asumirá la responsabilidad de interpretar los comentarios y modificará el mapa en caso de ser necesario, evitando así cambios incontrolados.

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Actualmente, se viene trabajando en una ampliación de las funciones de NaviCell para que incluyan otros datos relevantes como el nivel de expresión de los genes, actividades proteicas, características de las mutaciones, incluso —al mismo estilo del Google Maps— identificación de rutas alternativas para llegar del compuesto A al compuesto B.


Referencia:

  1. Nicholson DE (2000). The Evolution of the IUBMB-Nicholson Maps IUBMB Life, 50 (6), 341-344 DOI: 10.1080/713803744
  2. Kuperstein I, Cohen DPA, Pook S, Viara E, Calzone L, Barillot E & Zinovyev A (2013). NaviCell: a web-based environment for navigation, curation and maintenance of large molecular interaction maps BMC Systems Biology DOI: 10.1186/1752-0509-7-100